PDBの2つのチェーンをマージしながらPDBファイルから 'TER'キーワードを削除

Question

目的：PDBからの2つのチェーンはBiopythonを使用してマージする必要があります。次の例では、私はC.

ATOM 1133 N VAL A 100  12.484 -30.583 106.831 1.00 30.28   N 
ATOM 1134 CA VAL A 100  11.430 -31.194 106.033 1.00 34.41   C 
ATOM 1135 C VAL A 100  11.985 -32.402 105.259 1.00 39.25   C 
ATOM 1136 O VAL A 100  11.248 -33.126 104.568 1.00 46.37   O 
ATOM 1137 CB VAL A 100  10.822 -30.174 105.029 1.00 35.16   C 
ATOM 1138 CG1 VAL A 100  10.159 -29.020 105.767 1.00 36.95   C 
ATOM 1139 CG2 VAL A 100  11.865 -29.669 104.007 1.00 30.60   C 
TER 
ATOM 1141 N GLU B 1  12.344 -43.792 102.987 1.00 64.25   N 
ATOM 1142 CA GLU B 1  11.253 -42.785 103.240 1.00 66.15   C 
ATOM 1143 C GLU B 1  11.742 -41.350 102.948 1.00 65.40   C 
ATOM 1144 O GLU B 1  12.011 -40.595 103.895 1.00 65.31   O 
ATOM 1145 CB GLU B 1  10.779 -42.877 104.712 1.00 67.04   C 

に二つの鎖AとBをマージするコードのこれらの行は、単鎖にそれらをマージすることができますが、彼らはTERのキーワードを削除することができません。

merged_chains=['A', 'B'] 
new_rsd_num = 1 
for model in structure: 
    for chain in model: 
    if chain.id in merged_chains: 
     chain.id = 'C' 
     for residue in chain: 
     residue.id = (' ', new_rsd_num, ' ') 
     new_rsd_num += 1 

このコードセットは、2つのチェーンの間にTERキーワードを含む次の出力を生成します。

... 
ATOM 1133 N VAL C 100  12.484 -30.583 106.831 1.00 30.28   N 
ATOM 1134 CA VAL C 100  11.430 -31.194 106.033 1.00 34.41   C 
ATOM 1135 C VAL C 100  11.985 -32.402 105.259 1.00 39.25   C 
ATOM 1136 O VAL C 100  11.248 -33.126 104.568 1.00 46.37   O 
ATOM 1137 CB VAL C 100  10.822 -30.174 105.029 1.00 35.16   C 
ATOM 1138 CG1 VAL C 100  10.159 -29.020 105.767 1.00 36.95   C 
ATOM 1139 CG2 VAL C 100  11.865 -29.669 104.007 1.00 30.60   C 
TER 
ATOM 1141 N GLU C 101  12.344 -43.792 102.987 1.00 64.25   N 
ATOM 1142 CA GLU C 101  11.253 -42.785 103.240 1.00 66.15   C 
ATOM 1143 C GLU C 101  11.742 -41.350 102.948 1.00 65.40   C 
ATOM 1144 O GLU C 101  12.011 -40.595 103.895 1.00 65.31   O 
ATOM 1145 CB GLU C 101  10.779 -42.877 104.712 1.00 67.04   C 
... 

ただし、TERキーワードを削除する必要があります。

... 
ATOM 1133 N VAL C 100  12.484 -30.583 106.831 1.00 30.28   N 
ATOM 1134 CA VAL C 100  11.430 -31.194 106.033 1.00 34.41   C 
ATOM 1135 C VAL C 100  11.985 -32.402 105.259 1.00 39.25   C 
ATOM 1136 O VAL C 100  11.248 -33.126 104.568 1.00 46.37   O 
ATOM 1137 CB VAL C 100  10.822 -30.174 105.029 1.00 35.16   C 
ATOM 1138 CG1 VAL C 100  10.159 -29.020 105.767 1.00 36.95   C 
ATOM 1139 CG2 VAL C 100  11.865 -29.669 104.007 1.00 30.60   C 
ATOM 1141 N GLU C 101  12.344 -43.792 102.987 1.00 64.25   N 
ATOM 1142 CA GLU C 101  11.253 -42.785 103.240 1.00 66.15   C 
ATOM 1143 C GLU C 101  11.742 -41.350 102.948 1.00 65.40   C 
ATOM 1144 O GLU C 101  12.011 -40.595 103.895 1.00 65.31   O 
ATOM 1145 CB GLU C 101  10.779 -42.877 104.712 1.00 67.04   C 
... 

BioPythonを使用してTERキーワードを削除する方法はありますか？

Answer 1

残基は依然としてチェーンオブジェクトに属します。つまり、idを上書きするとチェーンAに属する残基の数は変化しません。

あなたは、チェーンAにチェーンBからの残留物を追加し、チェーンBを削除することができ

#read a PDB file with two chains 
from Bio import PDB 
pdbl = PDB.PDBList() 
pdbl.retrieve_pdb_file('5K04') 
parser = PDB.PDBParser() 
structure = parser.get_structure('5K04', pdbl.local_pdb + '/k0/pdb5k04.ent') 

#get all chains 
chains = list() 
for model in structure: 
    for chain in model: 
    chains.append(chain) 

#get the id of the last residue in the first chain 
len_chain_a = int(chains[0].get_unpacked_list()[-1].id[1]) + 1 

#get all residues from the 2nd chain 
for i, residue in enumerate(chains[1].get_residues()): 
    old_id = list(residue.id) 
    old_id[1] = len_chain_a + i 
    #increment the id 
    residue.id = tuple(old_id) 
    #add the residue to the first chain 
    chains[0].add(residue) 

#now delete all chains but the first 
for model in structure: 
    for chain in model: 
     if chain.id != 'A': 
      model.detach_child(chain.id) 

#save the merged chains 
pdb_io = PDB.PDBIO() 
pdb_io.set_structure(structure) 
pdb_io.save('5k04_merged.pdb')