dfの列の逐次群にわたるRを用いた因子分析

Question

私は10000列（SNPs頻度）のdfを持っています。私は、非反復ベクトルでシミュレーション（因子分析）を行う必要があります。これを行うには、列のサブセットを10のグループに分けて要素分析を実行する必要があります。たとえば、1:10、11:20の列。 21:30手動でこれを指定するには年月がかかるので、私はそれを行う簡単なスクリプトが必要です。 私はこれを書いたが、うまくいかないようだ。どのくらい反復を開始して停止するかをRに指示する方法を理解できません。

ind=seq(1,(ncol(df)-10),by=10) 

for (i in ind) { start=i;end=i+9; rez = factanal(df,factors=1, start:end) } 

Answer 1

ほんの少しのポインタ：

groups <- seq(from=1, to=10000, by=10) 

これは、グループの各要素のために、あなたは0:9のようなものを追加することができ、そして、10のグループにあなたの列を分割するのに有用です。

> 1 + 0:9 
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 

これは、データフレームのサブセット化に使用できます。例えば

、

for(i in groups){ 
    your_function(dat[, i + 0:9]) 
} 

は、対応するデータを使用して関数を実行します。関数の出力を適切に保存してください。リスト内の出力を保存するために

lapply(groups, function(x) your_function(dat[, x + 0:9])) 

のように、lapplyコールにそれをラップすることが有用であり得ます。

これはあなたの質問に対する答えかもしれませんが、これは長期的にもっと役立つと思うので、私がやることを追加してください：カラムをループする代わりに、私はmelt長いフォーマット、新しい変数として10のグループを示すインデックスを作成し、その変数をグループ化変数としてdplyrのgroup_by()操作と組み合わせてグループ化変数として使用します。