私はWindows 7を使用しています。私はpython 2.7とBiopython 1.57をインストールしました。私は次のスクリプトを作成しました:Biopythonを使用してclustalwを実行するには
from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta")
print("Command line: %s"%cl)
clpath="C:\Program Files\ClustalW2\clustalw2.exe"
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta",command=clpath)
from Bio.Clustalw import do_alignment align = do_alignment(cl)
エラーメッセージが表示されました。
http://www.drive5.com/muscle/によると、Muscleはclustalwよりも優れており、biopythonは両方で動作することができます。 –