2011-06-22 2 views
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私はWindows 7を使用しています。私はpython 2.7とBiopython 1.57をインストールしました。私は次のスクリプトを作成しました:Biopythonを使用してclustalwを実行するには

from Bio.Clustalw import MultipleAlignCL 
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta") 
print("Command line: %s"%cl) 
clpath="C:\Program Files\ClustalW2\clustalw2.exe" 
cl = MultipleAlignCL("myseqs.fasta",command=clpath) 

from Bio.Clustalw import do_alignment align = do_alignment(cl) 

エラーメッセージが表示されました。

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http://www.drive5.com/muscle/によると、Muscleはclustalwよりも優れており、biopythonは両方で動作することができます。 –

答えて

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これは難しい言葉遣いです。詳細はどこですか?

コマンドラインでClustalWを手動でインストールして実行できましたか?どのバージョン? Biopythonのどのバージョンを試しましたか?あなたはどのOSを使用していますか(それは大きな違いがあります)?どのようなエラーメッセージが表示されましたか?

BiopythonチュートリアルでClustalWを実行した例を試しましたか? http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.htmlまたはhttp://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf

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あなたのご意見は非常にありがとうございます。私は窓7を使用しています。私はpython 2.7とBiopython 1.57をインストールしました。私はclustalwを実行するために使用した次のスクリプト。しかし、私はエラーメッセージを受け取りました。してください。私を助けてください。Bio.Clustalwインポート cl = MultipleAlignCL( "myseqs.fasta") print( "コマンドライン:%s"%cl) clpath = "C:\ Program Files \ ClustalW2 \ clustalw2.exe" cl = MultipleAlignCL( "myseqs.fasta"、command = clpath) Bio.Clustalwからインポートdo_alignment align = do_alignment(cl) – neena

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どのようなエラーがありますか? Bio.Clustalwは非推奨になっているため、使用しないでください。 – peterjc

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