以下のスクリプトを実行すると、出力は1つの文字に分割されます。どんな考え? 2番目の引数が1つの文字に分割されるようです。biopythonを使用して単語リストを整列する方法pairwise2
私は単語シーケンスを整列しようとしています。
私は多くの言葉を持っているので、それらを文字にのみマップすることはできません。
from Bio.Seq import Seq
from Bio.pairwise2 import format_alignment
fruits = ["orange","pear", "apple","pear","orange"]
fruits1 = ["pear","apple"]
from Bio import pairwise2
alignments = pairwise2.align.localms(fruits,fruits1,2,-1,-0.5,-0.1, gap_char=["-"])
for a in alignments:
print(format_alignment(*a))
出力:あなたはstring
またはSeq
オブジェクトを期待localmsにリストを渡してい
['orange', 'r', 'a', 'e', 'p', 'e', 'l', 'p', 'p', 'a', 'pear', 'orange']
|||||||||
['-', 'r', 'a', 'e', 'p', 'e', 'l', 'p', 'p', 'a', '-', '-']
Score=4
申し訳ありませんが、原則的にはあなたの例では、動作するはずです。 '' pairwise2'''はリストを入力として受け入れます。明らかに、私は '' pairwise2'''の最後の更新中に何かを壊しました。 Biopython 1.67にアクセスできない場合は、そこにお試しいただけますか? – Markus