Biopythonは実行されません

Question

私はBiopythonで作業しようとしていました。私のコード：

fasta_string = open("C:\\Users\\saeed\\Desktop\\dna2.fasta").read() 
print('1') 
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string) 
print('2') 


blast_record = NCBIXML.read(result_handle) 

len(blast_record.alignments) 

E_VALUE_THRESH = 0.01 
for alignment in blast_record.alignments: 
    for hsp in alignment.hsps: 
     if hsp.expect < E_VALUE_THRESH: 
      print('*Alignment*') 
      print('sequence', alignment.title) 
      print('length', alignment.length) 
      print(' e value', hsp.expect) 
      print(hsp.query) 
      print(hsp.match) 
      print(hsp.sbjct) 

私はこのコードを実行するたびに、1を出力して停止します。出口で停止するのではなく、実行し続けて何も印刷しません。私はdna2.fastaファイルを単に "myseq.fa"に置き換えようとしましたが、それはうまくいきませんでした。ただファイルが存在しないと言っています。私は何が間違っているのか、それを修正する方法を知りたい。どんな助け？

Answer 1

これは私がBioPythonを経由してシーケンスをqblastするためにしなければならないものです：

import ssl # monkey patch for BioPython 1.68 & 1.69 
ssl._create_default_https_context = ssl._create_unverified_context 

from Bio.Blast import NCBIWWW 
from Bio.Blast import NCBIXML 
from Bio import SeqIO 

E_VALUE_THRESH = 0.01 

input_file_name = "C:\\Users\\saeed\\Desktop\\dna2.fasta" 

fasta_object = SeqIO.read(input_file_name, format='fasta') 

result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_object.seq) 

blast_record = NCBIXML.read(result_handle) 

for alignment in blast_record.alignments: 
    for hsp in alignment.hsps: 
     if hsp.expect < E_VALUE_THRESH: 
      print('*Alignment*') 
      print('sequence', alignment.title) 
      print('length', alignment.length) 
      print('e value', hsp.expect) 
      print(hsp.query) 
      print(hsp.match) 
      print(hsp.sbjct) 

SSL /証明書の問題を処理するためのより良い方法があるのなら、私は知ることに興味があると思います。

Answer 2

これは、1回のリクエストで複数のクエリを使用した私の例です。

import timeit # Not necessary; just for timing the blast request. 

from Bio.Blast import NCBIWWW 
from Bio.Blast import NCBIXML 

fasta_string = open("dna2.fasta").read() 
# In "dna2.fasta": 
# >test1 
# CGCTCATGCTAAAACCACGGAGGAATGTTTGGCCTATTTTGGGGTGAGTG 
# >test2 
# GCCAAGTCTGCAGGAAGCTTTGAGTTCTGACATCCTTAATGACATGGAGT 
# 
# Or you can make a string for this simple example. 
# fasta_string = ">test1\nCGCTCATGCTAAAACCACGGAGGAATGTTTGGCCTATTTTGGGGTGAGTG\n>test2\nGCCAAGTCTGCAGGAAGCTTTGAGTTCTGACATCCTTAATGACATGGAGT\n" 
print(fasta_string) 

a = timeit.default_timer() # Not necessary; just for timing the blast request. 
result_handle = NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", fasta_string) 
print(timeit.default_timer() - a) # Not necessary; just for timing the blast request. 
# This takes me ~ 40 sec in one test. 

# Use "parse" instead of "read" because you have lots of results (i.e., multiple query sequences) 
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle) 
for blast_record in blast_records: 
    print(blast_record.alignments[0].hsps[0]) 

"cdlane"が正しい。 Bio.SeqIOモジュールを使用してFASTAファイルを読み込むこともできます。私はあなたがそれを読んだと確信していますが、その場合に関連文書はここにあります：http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc87