ビーガン：RDA

Question

の大幅な軸Iはphytocoenologicalrelevésのデータフレームを持っている：

• 行はサイト
• 列を表し、私はvegan機能rda(matrix ~ 1)を使用して、その上にRDAを実行

種を表します。今私は儀式の軸summary(rda)$sitesを持っていますが、どれが重要であるかを知る方法はありますか？

私は別の指導方法を使用すると、これらのアプローチが異なるでしょうか？

ありがとうございました。

Answer 1

個人的に私は方法がないと言います。しかし、重要でない軸の数を見つける方法を提案する人もいます。これらのうちのいくつかは、vegan github issueで議論されている。私の個人的な経験によれば、これらの方法の多くはうまくいきません。定義された次元数+ランダムエラーのデータを生成すると、既知の数の軸を見つけることができません。これらのメソッドの多くは実装するのが簡単です（ただし、ビーガンに実装していません）。上記のリンクを参照してください。

あなたのタイトルはPCoAについて聞いていますが、あなたの例ではRDAを使用しています。しかし、同様の方法が両方に適用されます（または私が思うように両方で失敗する）。