refseqアクセッション番号リストから遺伝子リストを取得するにはどうすればいいですか（NM_ <num>およびNR_ <num>）

Question

私はpython 2.7を使用しており、refseqアクセッション番号のリストから遺伝子リストを取得するためにbiopythonまたはpyensembl 。私はこれを行うことができる簡単な方法はありますか？

Answer 1

はい、簡単な方法があります。しかし、あなたはいつも何らかの努力を示すべきです、あなたが尋ねる前に試したコードです。これはあなたが必要とするコードです：

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "trouselife@gmail.com" 

handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id="NM_123456", retmode="xml") 
record = Entrez.read(handle) 

for feature in r[0]["GBSeq_feature-table"]: 
    for qualifier in feature["GBFeature_quals"]: 
     if "gene" in qualifier["GBQualifier_name"]: 
      print(qualifier["GBQualifier_value"]) 

# MHK7.14; MHK7_14 

あなたはefetchラインでいくつかのサンプルを取得し、その後、あなたはあなたが得るハンドラから抽出したいデータを見つける必要があります。