積分の計算方法R

Question

ここでは、2つのベクトルに積分の計算を実装するのを手伝っていきたいと思います。私はRを基準に積分計算のページをチェックしました。しかし、私は数学の訓練がほとんどないので、私はまだそれを自分で行うことはできません。

私の目的は、この文のアイデアを実装することです。「速度マップを位置別にプロットすると、遺伝子地図はちょうどこのプロットの積分値になります。これは私が変数（レート、ポジション）を持っていることを意味し、各ポジションは独自のレートを持っています。私は、各ポジションのレートの積分を計算したいと思います。ここでは、位置は単調増加しています。

この作業は、数学的計算をよく理解している人にとってはあまり複雑ではありません。だから、それについての指示や指示を私に与えてもらえますか？

ありがとうございます。

# here I make dummy data 

position <- c(2,34,58) 
rate <- c(14, 20, 5) 

Answer 1

数学では、積分は曲線の下の面積です。あなたの例では、位置と速度によって定義されるカーブの下の領域が必要です。

position <- c(2,34,58) 
rate <- c(14, 20, 5) 

plot(position, rate, type="l", ylim=c(0, 25)) 

あなたは台形法則使用して、手で曲線下面積を計算することができます。

32*17 + 24*12.5 = 844 

または、プログラムでそれを行うには：

AUC <- function(x, y){ 
    sum(diff(x)*rollmean(y,2)) 
} 

AUC(position, rate) 
[1] 844