データフレームからgzipファイルを書き込む

Question

データフレームをgzipファイルに書き込もうとしていますが、問題があります。

ここに私のコードの例です：

df1 <- data.frame(id = seq(1,10,1), var1 = runif(10), var2 = runif(10)) 

gz1 <- gzfile("df1.gz","w") 
writeLines(df1) 

writeLines(df1)でエラー：無効な 'テキスト' 引数

任意の提案？

EDIT： 私が書くしようとしている文字ベクトルの例の行は次のとおりです。

0 | var1:1.5 var2:.55 var7:1250 

クラスラベル/ Y-変数は、によってX-VARSから分離されている「|」と変数名前は「：」で区切られ、変数間にスペースがあります。

EDIT2： 私は質問の文言/フォーマットを謝るが、ここでの結果は以下のとおりです。 古い方法：

system.time(write(out1, file="out1.txt")) 
# user system elapsed 
# 9.772 17.205 86.860 

新しい方法：

writeGzFile <- function(){ 
    gz1 = gzfile("df1.gz","w"); 
    write(out1, gz1); 
    close(gz1) 
} 

system.time(writeGzFile()) 
# user system elapsed 
# 2.312 0.000 2.478 

はのためのすべての非常に多くをありがとうこれを理解するのを手伝ってくれます。

Answer 1

writeLinesには文字列のリストが必要です。 gzipファイルにこれを書くための最も簡単な方法は、これはgzip圧縮されたCSVファイルとしてそれを書きます

df1 <- data.frame(id = seq(1,10,1), var1 = runif(10), var2 = runif(10)) 
gz1 <- gzfile("df1.gz", "w") 
write.csv(df1, gz1) 
close(gz1) 

だろう。ファイルを書き換える別の方法については、write.tableとwrite.csv2も参照してください。

EDIT：目的の形式についての記事の更新に基づいて、私は（すぐに一緒に投げ、おそらく単純化のトンを認めている）は、次のヘルパーを作っ：

function(df) { 
    rowCount <- nrow(df) 
    dfNames <- names(df) 
    dfNamesIndex <- length(dfNames) 
    sapply(1:rowCount, function(rowIndex) { 
     paste(rowIndex, '|', 
      paste(sapply(1:dfNamesIndex, function(element) { 
       c(dfNames[element], ':', df[rowIndex, element]) 
      }), collapse=' ') 
     ) 
    }) 
} 

ので、出力は

a <- data.frame(x=1:10,y=rnorm(10)) 
writeLines(myser(a)) 
# 1 | x : 1 y : -0.231340933021948 
# 2 | x : 2 y : 0.896777389870928 
# 3 | x : 3 y : -0.434875004781075 
# 4 | x : 4 y : -0.0269824962632977 
# 5 | x : 5 y : 0.67654540494899 
# 6 | x : 6 y : -1.96965253674725 
# 7 | x : 7 y : 0.0863177759402661 
# 8 | x : 8 y : -0.130116466571162 
# 9 | x : 9 y : 0.418337557610229 
# 10 | x : 10 y : -1.22890714891874 

のように見えます

必要なのは、gzfileをwriteLinesに渡して、必要な出力を得ることだけです。

Answer 2

gzipファイルに何かを書き込むには、テキストを「シリアル化」する必要があります。あなただけのファイルへのデータフレームのテキスト表現を書いたしかし

gz1 = gzfile("df1.gz","w") 
dput(df1, gz1) 
close(gz1) 

：Rについてあなたはdputを使用して、その時の刺しを持つことができるオブジェクト。これは、おそらくsave(df1,file="df1.RData")を使用してネイティブRデータファイルに保存するより効率が悪くなります。なぜあなたは.gzファイルとして保存していますか？

いくつかの乱数を使った簡単なテストでは、gzファイルは54k、です。RDATAファイルは34K

Answer 3

だったそれを行うには別の非常に簡単な方法は次のとおりです。

# We create the .csv file 
write.csv(df1, "df1.csv") 

# We compress it deleting the .csv 
system("gzip df1.csv") 

からアイデアを得た：http://blog.revolutionanalytics.com/2009/12/r-tip-save-time-and-space-by-compressing-data-files.html