R - エラーが発生するforeach％dopar％OPTIMから構築を含む関数を呼び出すOPTIM

Question

によって呼び出される関数の中でのforeach％のdoparの％での問題：呼び出された関数は、そのように見える

> workers <- startWorkers(6) # 6 cores 
> 
> registerDoSMP(workers) 
> 
> t0 <- Sys.time() 
> 
> optim(w,maxProb2,control=list(fnscale=-1)) 
> 
> Error in { : task 1 failed - "unused argument(s) (isPrebuilt = TRUE)" 
> 
> Sys.time()-t0 
> 
> Time difference of 2.032 secs 
> 
> stopWorkers(workers) 

：

> maxProb2 <- function(wp) { 
> 
> r <- foreach (i=s0:s1, .combine=c) %dopar% { pf(i,x[i,5],wp,isPrebuilt=TRUE) } 
> 
> cat("w=",wp,"max=",sum(r),"\n") 
> 
> sum(r) 
> 
> } 

pfは他の関数であり、xは事前計算された要素の静的なテーブルです。

がまた一度だけ最適化されるように関数を呼び出すことは、同じエラーが発生：

：

> workers <- startWorkers(6) # 6 cores 
> 
> Warning message: 
> In startWorkers(6) : there is an existing doSMP session using doSMP1 
> 
> registerDoSMP(workers) 
> 
> maxProb2(w) 
> Error in { : task 1 failed - "unused argument(s) (isPrebuilt = TRUE)" 
> 
> stopWorkers(workers) 

奇妙何を単一の時間（OPTIMは、同じ機能を何度もcalles）を直接呼び出されたときに、同じコードが正常に動作します

％dop％の代わりに％do％を使用すると、呼び出される関数（maxProb2）は正常に動作します。

foreach％dopar％の構造を含む関数を正しく呼び出すにはどうすればよいですか？

UPDATE 2011-07-17：

私はprobfにPF機能の名前を変更したが、問題が残っています。

probf関数がスクリプトで定義されています。一部の外部パッケージでは定義されていません。

2つのノート：OS：Windows 7の、IDE：革命解析エンタープライズ4.3

> workers <- startWorkers(workerCount = 3) 
> 
> registerDoSMP(workers) 
> 
> maxProb2(w) 
> 
Error in { : task 1 failed - "could not find function "probf"" 

Answer 1

[[編集]]

あなたpf機能し、あなたの "静的なテーブル" xは、すべての労働者に配布されなければなりませんノード。並列ライブラリのドキュメントを読んでその動作を確認する必要があります。

optimを実行すると、pf関数はそれが別のもの（おそらくstats::pf、isPrebuilt引数を持たない）であることがわかります。

pfの名前を変更することはできますか（たとえば、mypf）。

mypf <- pf # renaming the function 

maxProb2 <- function(wp) { 
    r <- foreach (i=s0:s1, .combine=c) %dopar% { mypf(i,x[i,5],wp,isPrebuilt=TRUE) } 
    cat("w=",wp,"max=",sum(r),"\n") 
    sum(r) 
} 

それとも、あなたのpf関数は、名前空間（たとえば、mypackage）、あなたはこのようにそれを参照することができて、パッケージの一部である場合：mypackage::pf

maxProb2 <- function(wp) { 
    r <- foreach (i=s0:s1, .combine=c) %dopar% { mypackage::pf(i,x[i,5],wp,isPrebuilt=TRUE) } 
    cat("w=",wp,"max=",sum(r),"\n") 
    sum(r) 
} 

Answer 2

は、私は同じ問題に遭遇しました問題は、環境がサブスレッドに含まれていないことです。あなたのエラー

Error in { : task 1 failed - "could not find function "simple_fn""

は、この非常に単純な例で再現することができます。

simple_fn <- function(x) 
    x+1 

test_par <- function(){ 
    library("parallel") 
    no_cores <- detectCores() 
    library("foreach") 
    cl<-makeCluster(no_cores) 
    library("doSNOW") 
    registerDoSNOW(cl) 
    out <- foreach(i=1:10) %dopar% { 
     simple_fn(i) 
    } 

    stopCluster(cl) 
    return(out) 
} 

test_par() 

は今、すべてのあなたはforeach(i=1:10, .export=c("simple_fn"))にforeach(i=1:10)を変更することがあるためにする必要があります。完全な地球環境を輸出したい場合は.export=ls(envir=globalenv())と書いてください。あなたはそれを良くするか悪化させるでしょうか？ foreach％のdoparの％での問題のため

Answer 3

クイックフィックスはこれらのパッケージを再インストールすることです：

install.packages("doSNOW") 

install.packages("doParallel") 

install.packages("doMPI") 

のStackOverflowでさまざまなスレッドで述べたように、これらは、これらの古いバージョンに存在していたR.バグで並列処理を担当していますパッケージが削除されました。それは私の場合に働いた。私はあなたのプロジェクト/パッケージでこれらのパッケージを使用していなくても、おそらく役立つでしょう。