Python凝集型クラスタリング：クラスタ内の最も近い点を見つける

Question

クラスタリングのためのリンケージ行列は、クラスタインデックスを提供し、クラスタリング階層の各ステップに対して距離 を提供します。 2つのクラスタが結合されたとき、どの2つの点がクラスタ内で最も近いかを知りたいと思います。私は "単一"、すなわち最近接距離のメトリックを使用しています

私は網羅的な検索と比較によってこれを簡単に行うことができます。リンケージの後、情報は既にそこにありますか？この情報を得るよりスマートな方法はありますか？

Answer 1

のご質問にお答えするには：

• いいえ、この情報は、少なくとも公式Pythonドキュメントによると、リンケージ後には使用できません。点問題の

• 最も近い対は、計算幾何学の問題であり、（全数探索が二次であることに注意）再帰除算することにより、対数時間で解くとアルゴリズムを征服することができます。詳細については、このウィキペディアarticleを参照してください。このpaperもShamosとHoeyによってチェックしてください。問題の本来の定式化には、1組の点しか含まれていないことに注意してください。しかし、2つのセットの適応は簡単です。 discussionが参考になる場合があります。