sklearnの凝集クラスタリング

Question

私はいくつかのデータとこれらのデータポイントのペアワイズ距離マトリックスも持っています。凝集クラスタリングを使用してそれらをクラスタリングしたい。私はsklearnで読む、私たちは親和性として「事前計算された」ことができます、そして、私はそれが距離行列だと思います。しかし、あらかじめ計算された親和性とカスタム距離行列を使用する例は見つかりませんでした。 助けていただければ幸いです。

Answer 1

距離行列をDとしましょう。

agg = AgglomerativeClustering(n_clusters=5, affinity='precomputed') 
agg.fit_predict(D) # Returns class labels. 

あなたは全体の階層を生成し、樹形図を生成するに興味があるなら、scikit-learnのAPIはscipy hierarchical clustering codeをラップします。 scipyコードを直接使用してください。