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import matplotlib
matplotlib.use('TkAgg')
def generate_graph(self,subject,target,filename):
x_data = range(0, len(self.smooth_hydro))
mslen = len([i[1] for i in self.master_seq.items()][0])
diff=(mslen-len(self.smooth_hydro))/2
x1_data = range(0,len(self.smooth_groups.items()[0][-1]))
x2_data = range(0,mslen)
plt.figure()
plt.axhline(y=0, color='black')
plt.ylim(-3, 3)
plt.xlim(right=mslen)
plt.plot(x_data, self.smooth_hydro, linewidth=1.0, label="hydrophobicity", color='r')
plt.plot(x_data, self.smooth_amphi, linewidth=1.0, label="amphipathicity", color='g')
for pos in self.hmmtop:
plt.axvline(x=pos-1-diff, ymin=-2, ymax = 0.1, linewidth=1, color='black',alpha=0.2)
plt.axvspan(subject[0]-diff,subject[1]-diff, facecolor="orange", alpha=0.2)
plt.axvspan(target[0]-diff,target[1]-diff, facecolor="orange", alpha=0.2)
plt.legend(loc='upper center', bbox_to_anchor=(0.5, 1.05),
ncol=3, fancybox=True, shadow=True)
plt.xlabel("Residue Number")
plt.ylabel("Value")
width = (0.0265)*len(self.master_seq[0]) if mslen > 600 else 15
plt.grid('on')
plt.savefig(self.out+'/graphs/'+filename+'.png')
plt.clf()
plt.cla()
plt.close()
私はこの関数を繰り返し呼び出していますが、生成される画像は非常に遅いです。誰かがこのコードを最適化してより速く実行できるように助けてくれますか?MatPlotLibはPythonで非常に遅いです
ありがとうございました!
の可能性のある重複した[なぜmatplotlibのをとても遅いプロットされる?](http://stackoverflow.com/questions/8955869/why-is-plotting-with-matplotlib-so-slow) – Scimonster