注釈DBはrpy2

Question

には「選択」方法を有していないI Rに次のコードを持っている：probeNamesこのデータベースで見つかったプローブに対応する文字列のリストである

require(hgu133a.db) 

entrezIDs <- select(hgu133a.db, probeNames, "ENTREZID") 

。

私はrpy2を使ってPythonにそれを翻訳しようとしています：

from rpy2.robjects.packages import importr 
hgu133a_db = importr('hgu133a.db') 

entrez_ids = hgu133a_db.select(hgu133a_db, probe_names, 'ENTREZID') 

しかし、エラーが表示されます。

AttributeError: module 'hgu133a.db' has no attribute 'select'

私は私の知る限りのドキュメント（?select）を検索してきましたhgu133a.dbは、AnnotationDbiクラスからselectメソッドを継承します。

select()が来ているライブラリを正しく解決するにはどうすればよいですか？Pythonで使用できるのですか？

Answer 1

のimportr()「

rpy2 [sの答えを、その数文字を超え@mervにコメントされている必要があります]」を支援しようとしていますRの一般的な使い方ははるかに少ないです（同じ名前の関数のどれに影響するRパッケージの読み込み順序などの厄介なものにつながる可能性があります）。実行される）。

importrとのトレードオフは、Rシンボルがどこから来ているかを知ることです。 rpy2には、与えられたR記号が定義されている場所（*）を見つけるのに役立つあまり知られていない関数があります：https://rpy2.readthedocs.io/en/version_2.8.x/robjects_rpackages.html#finding-where-an-r-symbol-is-coming-from。

それ以外の場合は、r()を使用して、Rセッションでピックされるオブジェクト（*）を取得することもできます。

from rpy2.robjects import r 
r('select') 

（*：前述したように、セッションで先に読み込まれたRパッケージの順序は、どのRオブジェクトが選択されたかに影響を与える可能性があります）。

Answer 2

明らかに上記に2つの問題があります。まず、AnnotationDbiを使用してselect()メソッドを解決する必要があります。次にhgu133a_dbはInstallSTPackageオブジェクトです - 代わりにhgu133a_db.hgu133a_dbを使用する必要があります。それを一緒に入れて、RからのPythonへの変換は次のとおりです。

from rpy2.robjects.packages import importr 

annotation_dbi = importr('AnnotationDbi') 
hgu133a_db = importr('hgu133a.db') 

entrez_ids = annotation_dbi.select(hgu133a_db.hgu133a_db, probe_names, 'ENTREZID')