IGRAPH

Question

に、簡略化されたグラフを抽出する私はコミュニティの検出を実行し、その結果がこの

community <- cluster_fast_greedy(kite) 
plot(community,kite) 

のように見えるこの

library(igraph) 
library(igraphdata) 

data("kite") 
plot(kite) 

のように見えるネットワークを持っています

今、私は、コミュニティ。エッジウェイトはコミュニティ間の結び付きの数でなければなりません（コミュニティがどれほど強くつながっているか）。頂点の属性はコミュニティ内のノードの数でなければなりません（numnodesと呼ばれます）。グラフはこの 1つのノードのようになるはず

d <- data.frame(E=c(1, 2, 3), 
       A=c(2, 3, 1)) 
g2 <- graph_from_data_frame(d, directed = F) 
E(g2)$weight <- c(5, 1, 1) 
V(g2)$numnodes <- c(4,3,3) 

plot.igraph(g2,vertex.label=V(g2)$name, edge.color="black",edge.width=E(g2)$weight,vertex.size=V(g2)$numnodes) 

は、一方の縁部は、他と比較して体重の多くを有し、他のものよりも大きくなっています。

Answer 1

私が知る限り、igraphには、頂点のグループを接続するエッジをカウントする方法はありません。したがって、コミュニティをつなぐエッジを数えるには、各ペアのコミュニティを繰り返し処理する必要があります。各コミュニティのメンバーをカウントするには、sizesメソッドを使用できます。

library(igraph) 
library(igraphdata) 

data("kite") 
plot(kite) 

community <- cluster_fast_greedy(kite) 
plot(community,kite) 

cedges <- NULL 

for(i in seq(1,max(community$membership) - 1)){ 
    for(j in seq(i + 1, max(community$membership))){ 
     imembers <- which(community$membership == i) 
     jmembers <- which(community$membership == j) 
     weight <- sum(
      mapply(function(v1) mapply(
       function(v2) are.connected(kite, v1, v2), 
       jmembers), 
      imembers) 
     ) 
     cedges <- rbind(cedges, c(i, j, weight)) 
    } 
} 

cedges <- as.data.frame(cedges) 
names(cedges)[3] <- 'weight' 
cgraph <- graph_from_data_frame(cedges, directed = FALSE) 

V(cgraph)$numnodes <- sizes(community) 

plot.igraph(cgraph, 
    vertex.label = V(cgraph)$name, 
    edge.color = "black", 
    edge.width = E(cgraph)$weight, 
    vertex.size = V(cgraph)$numnodes)