2017-10-25 8 views
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私は家族効果を持つ私の混合モデルがデータにどの程度適合しているかを調べようとしています。 lmekin関数からrの2乗値を抽出することは可能ですか?もしそうなら、共変量のそ​​れぞれについて部分的なr乗の値を抽出することは可能ですか? 例:R:coxmeパッケージでlmekinからr 2乗を抽出する方法

model= lmekin(formula = height ~ score + sex + age + (1 | IID), data = phenotype_df, varlist = kinship_matrix) 

私はムーミンパッケージを試してみましたが、lmekinモデルで動作するようには思えません。ありがとう。

答えて

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私は(私はそれが動作しますかなり確信している、しかし、私はあなたのコードを実行できるように行うのは素晴らしいですが、一つのことは、再現性の例を作成することで、

library(coxme) 
library(MuMIn) 
data(ergoStool, package="nlme") # use a data set from nlme 
fit1 <- lmekin(effort ~ Type + (1|Subject), data=ergoStool) 
r.squaredLR(fit1) 

r.squaredLR()機能を使用することができていますダブルチェック、例えば、私はちょうどphenotype_dfのように見えません、そして私はあなたのコードを実行することができません、これのための偉大なリソースはreprexパッケージです)。

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ルーシー - それは完璧です! 再現可能な例がないと申し訳ありません。私はreprexパッケージを確かにチェックします。私の特殊なケースでは、遺伝変数がモデルをどのくらい改善しているかを見るのに興味があるので、各共変量の部分平方根にはあまり関心がありません - これを実行する最良の方法は実行されると思います r.squaredLR (fit1) 遺伝的変数を加える前後。 – b82mo

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