"snakemake --config"を使ってコマンドにフラグを渡す

Question

私はSnakemakeチュートリアルを読んでいるので、 "snakemake --config ..."を使ってパラメータを変更する方法は明らかです。コマンドが実行されています。 "--config"を使ってコマンドにフラグを渡すことはできますか？たとえば、 "--config"を使用して、これらのコマンドのいずれかを実行するSnakefileを書くことはできますか？

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa 

muscle -in unaligned.fa -out aligned.fa -msf 

Answer 1

はい、Snakemakeでシェルコマンド定義の中から、あなたが直接アクセスすることができます：configと

rule a: 
    input: ... 
    output: ... 
    shell: 
     "muscle -in {input} -out {output} {config[muscle-params]}" 

は、例えばあなたのことを考えますsnakemake --config muscle-params="-msf" を呼び出すか、設定ファイルでキーが定義されている（さらに優れています）。