円形のデデキストランデンドログラムにラベルを付ける

Question

私は、組成データの円形の樹状図をプロットしようとしています。次のコードを使用してください：

library(dendextend) 
library(circlize) 
library(compositions) 
data("Hydrochem") 
hydro<-Hydrochem 

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average") 
dend <- as.dendrogram(hc) 
hydro$River <- as.character(hydro$River) 
labels(dend) <- hydro$River[order.dendrogram(dend)] 
plot(dend) 

正しいラベルオーダーで私が望むものの正常なデンドログラムを得ることができます。

しかし、私はcirclize_dendrogram(dend)を実行したとき、私はこれを取得：

私を悩ませる何が真ん中にデンドログラムである - 私はちょうどすなわち（ラベルの樹形図の順序を使用しないときlabels(dend) <- hydro$Riverと入力すると）、内部の樹状図は細かく、すべてが素晴らしいように見えます。

labels_track_heightとdend_track_heightの設定を変更してみましたが、小さなおもちゃのデータセットで同じプロセスを実行すると、この問題は発生しません。

アイデア？

Answer 1

実際にはコードに浮上する2つの問題があります。 1.ラベルは一意ではありません。 2.プロットは、樹形図オブジェクトで更新した後、ラベルのための十分な余地を与えません。

最初の問題は、あなたが提供する一意でないラベルに数字を追加することによって解決できます。 2番目の問題の解決策は、circlize_dendrogram関数のlabels_track_height引数で再生することです。ここで更新されたコードは（違いがどこにあるか、最後の行に注意してください）です：あなたが得る

library(dendextend) 
library(circlize) 
library(compositions) 
data("Hydrochem") 
hydro<-Hydrochem 

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average") 
dend <- as.dendrogram(hc) 

tmp <- as.character(hydro$River)[order.dendrogram(dend)] 
labels(dend) <- paste0(seq_along(tmp), "_", tmp) 
plot(dend) 
circlize_dendrogram(dend, labels_track_height = 0.4) 

出力はこれです：

（これは今dendextend 1.6に自動的に行われます。 0、現時点ではgithubで利用可能 - 後でCRANでも利用可能）

Answer 2

この問題の解決法（なぜこの問題が本当にわかりませんので、もっと詳細な情報を提供できれば）は、ラベルを定義した後にもう一度dend <- as.dendrogram(hc)コールを追加することです。したがって、コードは次のようになります。

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average") 
dend <- as.dendrogram(hc) 
hydro$River <- as.character(hydro$River) 
labels(dend) <- hydro$River[order.dendrogram(dend)] 
dend <- as.dendrogram(hc) 
circlize_dendrogram(dend) 

注：これは問題を解決しません。