HG19のための遺伝子プロットをR

Question

で生成するHumanGenome19プロジェクト（hg19）の行列を考えて、私は遺伝子とその鎖がプロットされるプロットを生成したいと思います。 hg19から

データは次のようになります。一方、

GENE CHR txStart txEnd Size STRAND 
RBBP8 chr18 2050000 42016610 113940 - 
CCND3 chr18 41902670 42016610 113940 - 
GGNBP1 chr18 33551475 33556803 5328 + 
LINC00336 chr18 33553882 33561115 7233 - 
PGM3 chr18 83874592 83903655 29063 - 
PGM3 chr18 83874592 83903012 28420 - 
PGM3 chr18 83874592 83903012 28420 - 

+は、遺伝子がright方向にプロットされることを意味します - leftを意味します。

HGデータのようなプロットを生成できるRパッケージがありますか？

また、遺伝子の位置は気にしません。Y-axis名前は読みやすいように配置する必要があります。

免責事項：プロットは、私がリストアップしましたデータに応答しません。

Answer 1

範囲が非常に広いため、データの作成方法を理解できませんでした。私はarrowsを使って、擬似データの同様の見た目のプロットを作った。ただし、これ以上変更しないと機能しない可能性があります。

DATA

mydata = structure(list(GENE = structure(c(5L, 1L, 2L, 3L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("CCND3", 
"GGNBP1", "LINC00336", "PGM3", "RBBP8"), class = "factor"), CHR = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "chr18", class = "factor"), 
    txStart = c(20500000L, 20780190L, 20982780L, 21218290L, 21533530L, 
    21851180L, 22073300L), txEnd = c(20557770L, 20806930L, 21140420L, 
    21299010L, 22513330L, 21863505L, 22162610L), Size = c(57770L, 
    26740L, 157640L, 80720L, 979800L, 12325L, 89310L), STRAND = structure(c(1L, 
    1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("-", "+"), class = "factor")), .Names = c("GENE", 
"CHR", "txStart", "txEnd", "Size", "STRAND"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-7L)) 

CODE

graphics.off() 
windows(width = 10, height = 7) 
plot(x = c(min(mydata$txStart), max(mydata$txEnd)), y = c(0,nrow(mydata)+1), 
    type = "p", pch = NA, axes = FALSE, xlab = "Chromosome ## Mb", ylab = "") 

# Divide range of genes into 4 groups to add ticks and labels in next step 
x_label = seq(min(mydata$txStart),max(mydata$txEnd),(max(mydata$txEnd) - min(mydata$txStart))/4) 

#add labels at 4 different places on x-axis 
axis(1, at = x_label, labels = paste(as.character(round(x_label/1000000),2)," Mb",sep ="")) 

y_pos = 1 #Starting vertical position of genes 
for (i in 1:nrow(mydata)){ 
    #use arrows from txStart to txEnd. Based on STRAND value, this may have to change with if else 
    arrows(x0 = mydata$txStart[i], x1 = mydata$txEnd[i], y0 = y_pos, y1 = y_pos, length = 0.05) 

    #Obtain x position to put gene label 
    x_pos = mydata$txStart[i] + (mydata$txEnd[i] - mydata$txStart[i])/2 
    gene_label = paste(mydata$GENE[i]) 

    #Add gene label 
    text(x_pos, y_pos, bquote(italic(.(gene_label))), pos = 3, col = "darkgrey", cex = 0.8) 
    y_pos = y_pos + 1 #Comment this if you want all genes on the same level 
} 

PLOT