RのPOPPrパッケージを使用してcsvファイルに遺伝子型間の遺伝的距離値を書き込む方法は？

Question

私は、遺伝子型のSNP遺伝子型データに基づいて、距離を計算法を用いて計算しました。私は、いずれかのフォーマット上記のように私の結果を書くために私を助けることができる私はフォーマット以下のように私の距離値をしたいが、私はそう

  A  B  C  
A  0 
B  0.34 0 
C  0.39 0.45 0 

を行うことができなかったこの

snpsdist<-bitwise.dist(snps) 
save(snpsdist, ascii=TRUE, file="GPdist.CSV") 
write.table(snpsdist,"bitwise.csv") 

のために、この次のコードを使用しましたか？私はこの記事のコーディング標準に従っていない場合は申し訳ありません ありがとうと敬礼

Answer 1

いくつかの提案があります。

距離行列をフル行列に変換します。これにより、下三角の鏡像が上三角に表示されます。

m <- as.matrix(dist(c(1, 3, 2, 5))) 
m 
# 1 2 3 4 
# 1 0 2 1 4 
# 2 2 0 1 2 
# 3 1 1 0 3 
# 4 4 2 3 0 

あなたはNAのように、あなたが選んだの値を有する上部三角形を置き換えることができます。

m[upper.tri(m)] <- NA 
m 
# 1 2 3 4 
# 1 0 NA NA NA 
# 2 2 0 NA NA 
# 3 1 1 0 NA 
# 4 4 2 3 0 

または、上の三角形を空の文字列に置き換えることができます。これにより、マトリックスは文字型になります。これらのソリューションのいずれかが作動しているかどうか

m[upper.tri(m)] <- "" 
m 
# 1 2 3 4 
# 1 "0" "" "" "" 
# 2 "2" "0" "" "" 
# 3 "1" "1" "0" "" 
# 4 "4" "2" "3" "0" 

write.csv(m, "m.csv") 

は、CSVファイル（私はそれはいくつかの他のソフトウェアで使用されると仮定しています）を送ることを計画している場所によって異なります。