Biomartは、遺伝子名

Question

にrssnp変換する私は、これは明らかに問題がある場合ので、私を許してください、私は生物学で何のバックグラウンドを持っていませんR.

library(biomaRt) 

snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp") 
snp_attributes = c("refsnp_id", "chr_name", "chrom_start", 
"associated_gene", "ensembl_gene_stable_id", "minor_allele_freq") 

getENSG <- function(rs, mart = snp_mart) { 
results <- getBM(attributes = snp_attributes, 
       filters = "snp_filter", values = rs, mart = mart) 
return(results) 
} 

getENSG("rs144864312") 

    refsnp_id chr_name chrom_start associated_gene ensembl_gene_stable_id 
1 rs144864312  8 20254959    NA  ENSG00000061337 
    minor_allele_freq 
1  0.000399361 

に次のコードを持っています。私はrs144864312が遺伝子名 "LZTS1"と一致するはずだと言われました。 私が上に書いたコードは主にインターネットからのものです。私の質問はどこから遺伝子名を抽出するのですか？私はlistAttributes（snp_mart）がすべての可能な出力のリストを提供するが、上記の "遺伝子名"を私に与えるものは見当たらない。バイオマーカーを使用することからこの遺伝子名を抽出することができます（そしてrs番号が与えられています）？前もって感謝します。

PS：これは、500件のエントリ（1件だけではない）のために行う必要があります。それでなぜ遺伝子名を抽出するために上記のような単純な関数を作りましたか？言っ

Answer 1

私はあなたの質問がhttps://www.biostars.org/

に、より専門的な関心を引くだろうと思います。まず、私の知る限り、今、あなたはEnsemblのID（ENSG00000061337）を持って、あなただけの一歩遺伝子名を取得するからです。 Googleに「遺伝子名にensembl IDを変換する方法」があれば、多くのアプローチがあります。ここで私はいくつかのオプションを一覧表示する：

1. 使用：https://david.ncifcrf.gov/conversion.jsp
2. 使用アンサンブルの下biomart：http://www.ensembl.org/biomart/martview/1cb4c119ae91cb34b2cd5280be0a1aac
3. ダウンロード遺伝子名とEnsemblのIDの両方を持つテーブル、およびクエリをカスタマイズします。あなたは、いくつかの命令をUCSCゲノムブラウザからそれをダウンロードし、そしてここにいるしたい場合があります：https://www.biostars.org/p/92939/

幸運