遺伝子配列に基づくベクターをプロットする

Question

私はそれをACGTCCT...と呼ぶ配列を有する。階段を使わずにこれをプロットする方法はありますか？誰もがページの一番下にカラフルな2D/3Dの矢印を作る方法を知っていますか：How to plot a gene graph for a DNA sequence say ATGCCGCTGCGC?

in matlab？ ACGTCCT視覚化に関する他の提案も歓迎します。

乾杯

Answer 1

FileExchangeからarrow.m提出は、何が必要です。それが組み込まれていないと想像するのは難しいですが、少なくともこの寄稿はうまくギャップを埋めています。そのQ/Aであなたがにリンクされているようにここでそれを使用した例である：あなたが「階段」と言うとき

function randomWalk(seq) 

n = length(seq); 

ptStart = zeros(n, 3); 
ptEnd = zeros(n, 3); 

cols = jet(n); 

for i=1:n 
    switch seq(i) 
     case 'A' 
      d = [1 0]; 
     case 'T' 
      d = [-1 0]; 
     case 'G' 
      d = [0 1]; 
     case 'C' 
      d = [0 -1]; 
    end 

    ptEnd(i,:) = ptStart(i,:) + [d 1]; 
    ptStart(i+1,:) = ptEnd(i,:); 
end 

rng = [min([ptStart; ptEnd], [], 1); max([ptStart; ptEnd], [], 1)]; 
axis(rng(:)) 
for i=1:n 
    arrow(ptStart(i,:), ptEnd(i,:), 'BaseAngle', 90,... 
            'TipAngle', 15,... 
            'Length', 30,... 
            'CrossDir', [1 1 0],... 
            'EdgeColor', cols(i,:),... 
            'FaceColor', cols(i,:)); 
end 

axis equal 
view([45 15]) 

>> randomWalk('ATGCGTCGTAACGT')