Pythonの3D配列の値のMatplotlibアニメーション

Question

現在、私のWalabotデバイスから3D-rawdataを視覚化して、matplotlib FuncAnimationで作成した3Dアニメーションで表示したいと考えています。私はすでに回答を探していましたが、役に立たないものは見つかりませんでした。 私の場合、3次元配列を既に持っています。各インデックスには時間の経過と共に変化する特定の値があります。私はすでにさまざまな色とサイズの3Dチャートで表示する方法を理解することができましたが、今は自分でアップデートしたいと思っています。私は良いスタートを与えたいくつかのサンプルコードを見つけましたが、私のチャートはそれ自身では更新されません。私はウィンドウを閉じなければならないし、ウィンドウは再び3D配列から異なる値でポップアップします。あなたはこの問題を解決する方法を知っていますか？ここ は、これまでの私のコードです：

def update(plot, signal, figure): 
    plot.clear() 
    scatterplot = plot.scatter(x, y, z, zdir='z', s=signal[0], c=signal[0]) 
    figure.show() 
    return figure 

def calc_RasterImage(signal): 
    # 3D index is represnted is the following schema {i,j,k} 
    # sizeX - signal[1] represents the i dimension length 
    # sizeY - signal[2] represents the j dimension length 
    # sizeZ - signal[3] represents the k dimension length 
    # signal[0][i][j][k] - represents the walabot 3D scanned image (internal data) 

    #Initialize 3Dplot with matplotlib      
    fig = plt.figure() 
    ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 
    ax.set_xlim([xMin-1,xMax-1]) 
    ax.set_ylim([yMin-1,yMax-1]) 
    ax.set_zlim([zMin-1,zMax-1]) 
    ax.set_xlabel('X AXIS') 
    ax.set_ylabel('Y AXIS') 
    ax.set_zlabel('Z AXIS') 
    scatterplot = ax.scatter(x, y, z, zdir='z', s=signal[0], c= signal[0]) 
    cbar = plt.colorbar(scatterplot) 
    cbar.set_label('Density') 
    #def update(signal): 
    #  ax.clear() 
    #  scatterplot = ax.scatter(x, y, z, zdir='z', s=signal[0], c=signal[0]) 
    ani = anim.FuncAnimation(fig, update(ax, signal, plt), frames=10 , blit=True, repeat = True) 

def main(): 
    wlbt = Walabot() 
    wlbt.connect() 
    if not wlbt.isConnected: 
      print("Not Connected") 
    else: 
      print("Connected") 
    wlbt.start() 
    calc_index(wlbt.get_RawImage_values()) 
    while True: 
      #print_RawImage_values(wlbt.get_RawImage_values()) 
      calc_RasterImage(wlbt.get_RawImage_values()) 
    wlbt.stop() 

if __name__ == '__main__': 
    main() 

あなたがトップから更新機能を必要とする

ani = anim.FuncAnimation(fig, update(ax, signal, plt), frames=10 , blit=True, repeat = True) 

を持つ行を見ることができるように。この関数は私のプロットを消去し、異なる値を持つ新しいプロットを再作成します。しかし、私は常に最初にプロットウィンドウを閉じる必要があります。これは避けたいものです。 これはプロットの様子です： 3D array plot with matplotlib scatter あなたはこの問題の解決方法を知っていますか？

歓声

Answer 1

あなたのコードは本当に最小限の作業例ではない、とあなたは怠惰であることと、実際にSOに来る前にFuncAnimationのためのドキュメントを読んではいけません。つまり、このようなものがうまくいくはずです：

#!/usr/bin/env python 
# -*- coding: utf-8 -*- 

""" 
Display walabot output. 
""" 

import matplotlib.pyplot as plt 
from matplotlib.animation import FuncAnimation 

def display(walabot_instance): 

    # set x, y, z 

    fig = plt.figure() 
    ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 
    path_collection = ax.scatter(x, y, z, zdir='z') 

    # do your labelling, layout etc 

    def update(ignored, walabot_instance): 
     signal = walabot_instance.get_RawImage_values() 
     path_collection.set_sizes(signal[0]) 
     path_collection.set_color(signal[1]) 
     return path_collection, 

    return FuncAnimation(fig, update, fargs=[walabot_instance]) 

def main(): 
    wlbt = Walabot() 
    wlbt.connect() 
    if not wlbt.isConnected: 
     print("Not Connected") 
    else: 
     print("Connected") 
    wlbt.start() 

    plt.ion() 
    animation = display(wlbt) 
    raw_input("Press any key when done watching Walabot...") 


if __name__ == "__main__": 
    main() 

ご質問がある場合は、コメントを削除してください。

Answer 2

ご協力いただきありがとうございます。あなたのコードを試してそれを私のものに調整した後、ついにそれが働きました。私はドキュメント（https://matplotlib.org/api/_as_gen/matplotlib.animation.FuncAnimation.html#matplotlib.animation.FuncAnimation）を見ていましたが、それを正しく使う方法を理解できませんでした。私はコーディングがそれほど良くないからです。とにかく、ここで私の新しいコードされています

def calc_index(signal): 
    for i in range(0, signal[1], 1): 
      for j in range(0, signal[2], 1): 
        for k in range(0, signal[3], 1): 
          #Location of Index 
          x.append(i) 
          y.append(j) 
          z.append(k) 

def display(walabot_instance): 
    # 3D index is represnted is the following schema {i,j,k} 
    # sizeX - signal[1] represents the i dimension length 
    # sizeY - signal[2] represents the j dimension length 
    # sizeZ - signal[3] represents the k dimension length 
    # signal[0][i][j][k] - represents the walabot 3D scanned image (internal data) 

    #Initialize 3Dplot with matplotlib      
    fig = plt.figure() 
    ax = fig.add_subplot(111, projection='3d') 
    signal = walabot_instance.get_RawImage_values() 
    path_collection = ax.scatter(x, y, z, zdir='z', s=signal[0], c=signal[0]) 

    #Plot labeling 
    ax.set_xlim([xMin-1,xMax-1]) 
    ax.set_ylim([yMin-1,yMax-1]) 
    ax.set_zlim([zMin-1,zMax-1]) 
    ax.set_xlabel('X AXIS') 
    ax.set_ylabel('Y AXIS') 
    ax.set_zlabel('Z AXIS') 
    cbar = plt.colorbar(path_collection) 
    cbar.set_label('Density') 

    def update(ignored, walabot_instance): 
      ax.clear() 
      signal_update = walabot_instance.get_RawImage_values() 
      path_collection = ax.scatter(x, y, z, zdir='z', s=signal_update[0], c=signal_update[0]) 
      return path_collection 

    return FuncAnimation(fig, update, fargs=[walabot_instance]) 

def main(): 
    wlbt = Walabot() 
    wlbt.connect() 
    if not wlbt.isConnected: 
      print("Not Connected") 
    else: 
      print("Connected") 
    wlbt.start() 

    calc_index(wlbt.get_RawImage_values()) 
    plt.ion() 
    animation = display(wlbt) 

    raw_input("Press any key when done watching Walabot...") 
    wlbt.stop() 

if __name__ == '__main__': 
    main() 

私はまだ理解していない何があなたがのためにFuncAnimation機能で

fargs=[walabot_instance] 

を使用しているのですか？私はこの.. ドキュメントを得ることはありませんそして、何が

def func(fr: object, *fargs) -> iterable_of_artists: 

とFUNCとフレームのパラメータのFuncAnimationドキュメントの

def gen_function() -> obj: 

を意味しますか？このプロセスをよりよく理解するだけです。

なぜ更新に無視されたパラメータの入力が必要なのですか？それはどこにも使われていません。

ありがとう！