空白の正規表現ヒットを配列から削除する

Question

私は正規表現検索を実行しています。ヒットのみをfasta形式（2行のデータ：ニンジン ">"の後にヒットし、2行目ニンジンなしで、まだヒット情報を含んでいる）。
出力マルチファスタファイルを正常に生成できますが、ヒットしたかどうかにかかわらず、ニンジンと改行は出力ファイルに含まれています。

生成される出力：

> 

    > 

    >TAGCTAGC 
    TAGCTAGC 
    > 

    >GCTAGCTA 
    GCTAGCTA 

所望の出力：

>TAGCTAGC 
    TAGCTAGC 
    >GCTAGCTA 
    GCTAGCTA 

はここに私のコードです：

#!/usr/bin/perl 
    use warnings; 
    use strict; 

    open(CLUSTER, ">", "SequencesToCluster.txt") or die $!; 

    my @TrimmedSequences; 

    my @ArrayofFiles = glob ("~/BLASTdb/Individual_Sequences_*"); 

    foreach my $file (@ArrayofFiles){ 
     open (my $sequence, $file) or die "can't open file: $!"; 
     while (my $line = <$sequence>){ 
      if ($line !~/^>/){ 
      my $seq = $line; 
      $seq =~ s/\R//g; 
      $seq =~ m/([TAGC]{16})(CGGAGCTTTA|GCCATTTCT|TAAAGCTCCG|AGAAATGGGC/; 
      push(@TrimmedSequences, ">", $1, "\n", $1, "\n"); 
      } 
     } 
    } 
    #Here I believe I need to manipulate the array to get rid of blank fastas 
    print CLUSTER @TrimmedSequences; 

Answer 1

あなたは、配列をフィルタリングしている場合は、ツールがgrepです。

など。

my @new_array = grep { not /^\s*$/ } @old_array; 

これは空白だけの要素をフィルタリングします。それは空またはだけ>なので、あなたの場合：代わりに

/^>?\s*$/。

しかし、それは最初に存在する必要のない問題を修正しています。あなたはそうすることができます：

$seq =~ m/([TAGC]{16})(CGGAGCTTTA|GCCATTTCT|TAAAGCTCCG|AGAAATGGGC)/ 
     && push(@TrimmedSequences, ">", $1, "\n", $1, "\n"); 

これは、正規表現が一致する場合はpushとなります。