netcdfファイルからマップを視覚化するには？

Question

私は私が土壌の深さのマップを取得するために、経度だけでなく、土地のポイントと緯度を接続するために持っていることを思わ私はちょうど土壌の深さマップ

[1] "file C:\\Users\\SoilDepth-gswp.nc has 3 dimensions:" 
    [1] "x Size: 360" 
    [1] "y Size: 150" 
    [1] "land Size: 15238" 
    [1] "------------------------" 
    [1] "file C:\\SoilDepth-gswp.nc has 3 variables:" 
    [1] "float nav_lon[x,y] Longname:Longitude Missval:1e+30" 
    [1] "float nav_lat[x,y] Longname:Latitude Missval:1e+30" 
    [1] "float SoilDepth[land] Longname:Soil depth Missval:1.00000002004088e+20" 

を視覚化したいと考えたNetCDFファイルを持っています私は本当に混乱しています。誰もこの種のデータで私を助けることができますか？

Answer 1

library(ncdf) 
# I'm assuming this is the netcdf file you are working with: 
download.file("http://dods.ipsl.jussieu.fr/gswp/Fixed/SoilDepth.nc", destfile="SoilDepth.nc") 
soil <- open.ncdf("SoilDepth.nc") 
#The way to extract a variable is as following: 
soil$var[[3]] -> var3 # here, as shown in your question, SoilDepth is the 3rd variable 
get.var.ncdf(soil, var3) -> SoilDepth 

dim(SoilDepth) 
[1] 15238 

としてはので、私はそれがこのデータセットをプロットすることになるとどこそれはあなたを残しんかわからない変数SoilDepthだけでなくxとy上の寸法landに依存して、あなたのnetCDFファイルの要約に言われました。

編集

それは、xリンクキーがあり判明yとland：

download.file("http://dods.ipsl.jussieu.fr/gswp/Fixed/landmask_gswp.nc", destfile="landmask.nc") 
landmask <- open.ncdf("landmask.nc") 
landmask$var[[3]] -> varland 
get.var.ncdf(landmask, varland) -> land 
sum(land==1) 
[1] 15238 

だから、プロットするために：

# The values where stored in an expected order, hence the transpose 
land = t(land) 
land[land==1] <- SoilDepth 
land[land==0] <- NA 
land = t(land) 
image(land) 

Answer 2

Rで視覚化しますか？それは別のソフトウェアで視覚化する問題ではない場合

、あなたがhereをdonwloadできNASAが提供するhere利用可能ncBrowse、または一式、より複雑なものを、使用することができます。

Rで作業する場合は、ncdfパッケージを使用できます。 get.var.ncdf機能により、データを抽出することができます。 spパッケージとspplot機能を使用するか、rglパッケージ（またはそれ以外の場合はscatterplot）を使用してプロットすることができます。

Answer 3

視覚化のためにggplot2パッケージを使用することをお勧めします。 @plannapusの優れたソリューションの使用：

require(reshape) 
require(ggplot2); theme_set(theme_bw()) 
land_df = melt(land) 
ggplot(aes(x = X1, y = X2, fill = value), data = land_df) + 
    geom_raster() + coord_equal() + 
    scale_fill_continuous(na.value = "transparent") 

---

を使用すると、軸のタイトルを変更したい場合は、はaesで変数名を変更しないでください。これらの値はデータ内の列を参照し、それらを変更するとエラーが発生します。Xという軸はland_dfにありません。軸に置かれた名前を変更する場合：

ggplot(aes(x = X1, y = X2, fill = value), data = land_df) + 
    geom_raster() + coord_equal() + 
    scale_fill_continuous(na.value = "transparent") + 
    scale_x_continuous("X") 

Answer 4

ファイルをすばやく見るには、ncviewを使用できます。マップはあまり美しいものではありませんが、特定のファイルがどのように見えるかを知る上で非常に機能的です。また、これはリモートサーバーで簡単に動作します。

はこちらをご覧ください：http://meteora.ucsd.edu/~pierce/ncview_home_page.html