読む形式のデータ（GMSH形式をメッシュ）読むとき

Question

が、私はそう、これらのファイルは非常に大きな成長することができますラ

àメッシュ表現のために使用される異なるフォーマット間の変換a little Python packageを維持それらをPythonで効率よく実行することが重要です。

最もよく使用されるフォーマットの1つはmshからGmshです。残念なことに、そのデータレイアウトはおそらく最高ではありません。例ファイル：$Nodesについて

$MeshFormat 
2.2 0 8 
$EndMeshFormat 
$Nodes 
8 
1 -0.5 -0.5 -0.5 
2 0.5 -0.5 -0.5 
3 -0.5 0.5 -0.5 
4 0.5 0.5 -0.5 
5 -0.5 -0.5 0.5 
6 0.5 -0.5 0.5 
7 -0.5 0.5 0.5 
8 0.5 0.5 0.5 
$EndNodes 
$Elements 
2 
1 4 2 1 11 1 2 3 5 
2 4 2 1 11 2 5 6 8 
$EndElements 

• ：

  最初の数（8）が従うべきノードの数です。各ノード行で

  、最初の番号がインデックス（実際形式の静止部分によって必要とされない、うーん）、次いで3つの空間座標に従ってです。

  これまでのところ、forループでは、isliceよりも優れたものはありませんでしたが、かなり遅いです。 $Elementsについて

# The first line is the number of nodes 
line = next(islice(f, 1)) 
num_nodes = int(line) 
# 
points = numpy.empty((num_nodes, 3)) 
for k, line in enumerate(islice(f, num_nodes)): 
    points[k, :] = numpy.array(line.split(), dtype=float)[1:] 
    line = next(islice(f, 1)) 
assert line.strip() == '$EndNodes' 

• ：

  最初の数（2）が従うべき要素の数です。各要素行において

  、最初の数はインデックスで、次いで要素タイプ（4が四面体のためのものである）のための列挙に続きます。次に、この要素のの整数タグの数に従います（それぞれ2、ここでは1および11）。要素タイプに対応して、この行の最後のいくつかのエントリは、要素を形成する$Nodeインデックスに対応します。四面体の場合、最後の4つのエントリです。

  タグの数はエレメントタイプとノードインデックスの数と同じように、エレメントごとに異なることがあるので（ラインごとに異なる）、各ラインは異なる数の整数を有することができる。 $Nodesと$Elementsの両方について

、すぐにこのデータを読み取るための任意のヘルプは高く評価されます。ここで

Answer 1

はnumpyのに基づいて、やや奇妙な実装です：

f = open('foo.msh') 
f.readline() # '$MeshFormat\n' 
f.readline() # '2.2 0 8\n' 
f.readline() # '$EndMeshFormat\n' 
f.readline() # '$Nodes\n' 
n_nodes = int(f.readline()) # '8\n' 
nodes = numpy.fromfile(f,count=n_nodes*4, sep=" ").reshape((n_nodes,4)) 
# array([[ 1. , -0.5, -0.5, -0.5], 
# [ 2. , 0.5, -0.5, -0.5], 
# [ 3. , -0.5, 0.5, -0.5], 
# [ 4. , 0.5, 0.5, -0.5], 
# [ 5. , -0.5, -0.5, 0.5], 
# [ 6. , 0.5, -0.5, 0.5], 
# [ 7. , -0.5, 0.5, 0.5], 
# [ 8. , 0.5, 0.5, 0.5]]) 
f.readline() # '$EndNodes\n' 
f.readline() # '$Elements\n' 
n_elems = int(f.readline()) # '2\n' 
elems = numpy.fromfile(f,sep=" ")[:-1] # $EndElements read as -1 
# This array must be reshaped based on the element type(s) 
# array([ 1., 4., 2., 1., 11., 1., 2., 3., 5., 2., 4., 
# 2., 1., 11., 2., 5., 6., 8.])