はnumpyのとmatplotlibのガベージコレクション

Question

私はそれをディスクに異なるパラメータ（Q、K）、プロット結果を格納するために多くのシミュレーションを行いPythonスクリプトを持っています。

パラメータの各セット（Q,K）は、データ100xMBのデータを必要とするデータ200x200x80データポイントの3Dボリュメトリックグリッドを生成します。次に、この体積測定グリッドの一部分を層毎にプロットし、約60枚の画像を生成する。

問題は、このプロセス中にPythonが明らかにメモリを解放しないことです。私はメモリリークがどこにあるのか、あるいはPythonがどのオブジェクトが割り当て解除されるかを決定するルールを管理しているかどうかはわかりません。私はまた、メモリがnumpy配列で失われているか、matplotlibのFigureオブジェクトで失われているかどうかはわかりません。

1. はPythonでオブジェクトを分析するための簡単な方法があるメモリに存続している自動的に解放されましたか？
2. 特定のループサイクルまたは特定の関数呼び出しで作成されたすべての配列と図形オブジェクトをPythonで割り当てを解除する方法がありますか？

   import numpy as np 
   import matplotlib.pyplot as plt 
   import ProbeParticle as PP # this is my C++/Python simulation library, take it as blackbox 
   
   def relaxedScan3D(xTips, yTips, zTips): 
       ntips = len(zTips); 
       print " zTips : ",zTips 
       rTips = np.zeros((ntips,3)) # is this array deallocated when exiting the function? 
       rs = np.zeros((ntips,3)) # and this? 
       fs = np.zeros((ntips,3)) # and this? 
       rTips[:,0] = 1.0 
       rTips[:,1] = 1.0 
       rTips[:,2] = zTips 
       fzs = np.zeros((len(zTips), len(yTips), len(xTips))); # and this? 
       for ix,x in enumerate(xTips ): 
        print "relax ix:", ix 
        rTips[:,0] = x 
        for iy,y in enumerate(yTips ): 
         rTips[:,1] = y 
         itrav = PP.relaxTipStroke(rTips, rs, fs)/float(len(zTips)) 
         fzs[:,iy,ix] = fs[:,2].copy() 
       return fzs 
   
   
   def plotImages(prefix, F, slices): 
       for ii,i in enumerate(slices): 
        print " plotting ", i 
        plt.figure(figsize=(10,10)) # Is this figure deallocated when exiting the function ? 
        plt.imshow(F[i], origin='image', interpolation=PP.params['imageInterpolation'], cmap=PP.params['colorscale'], extent=extent) 
        z = zTips[i] - PP.params['moleculeShift' ][2] 
        plt.colorbar(); 
        plt.xlabel(r' Tip_x $\AA$') 
        plt.ylabel(r' Tip_y $\AA$') 
        plt.title(r"Tip_z = %2.2f $\AA$" %z ) 
        plt.savefig(prefix+'_%3.3i.png' %i, bbox_inches='tight') 
   
   Ks = [ 0.125, 0.25, 0.5, 1.0 ] 
   Qs = [ -0.4, -0.3, -0.2, -0.1, 0.0, +0.1, +0.2, +0.3, +0.4 ] 
   
   for iq,Q in enumerate(Qs): 
       FF = FFLJ + FFel * Q 
       PP.setFF_Pointer(FF) 
       for ik,K in enumerate(Ks): 
        dirname = "Q%1.2fK%1.2f" %(Q,K) 
        os.makedirs(dirname) 
        PP.setTip(kSpring = np.array((K,K,0.0))/-PP.eVA_Nm) 
        fzs = relaxedScan3D(xTips, yTips, zTips) # is memory of "fzs" recycled or does it consume more memory each cycle of the loop ? 
        PP.saveXSF(dirname+'/OutFz.xsf', headScan, lvecScan, fzs) 
        dfs = PP.Fz2df(fzs, dz = dz, k0 = PP.params['kCantilever'], f0=PP.params['f0Cantilever'], n=int(PP.params['Amplitude']/dz)) # is memory of "dfs" recycled? 
        plotImages(dirname+"/df", dfs, slices = range(0, len(dfs))) 
   

   ：

コードの関連部分は、ここで（ただし、それはそれはあまりにも複雑であるため、...​​C++/Pythonインタフェースを含むシミュレーションコードのより大きな部分が省略されて実行されません）です

Answer 1

はあなたの姿を再利用してください：

plt.figure(0, figsize=(10, 10)) 
plt.clf() #clears figure 

または保存した後、あなたの姿を閉じる：

... 
plt.savefig(...) 
plt.close()