ヒートマップのための非線形色勾配R

Question

私は[-2,2]の範囲の値の1941 x 119マトリックスを持ち、ゼロ付近で高度にクラスター化されています。

私はすでにhclustで発見されたクラスタを明らかにヒートマップを作成します。色の濃いランプを使用して、値が緑色から赤色に変わり、中央が暗く（またはより明るく）なるようにします。問題は、データがゼロ付近でクラスタリングされているため、redgreen（n）やRColorBrewerのような直線的な色のランプが微妙な分散を捕らえず、プロットを洗い流すことができないということです。

私はそうのような私のデータにブレークポイントを指定するには、{gplots}で「colorpanel」を使用して、カラーランプとシグモイド関数を構築しようとした：

library(gplots) 

lower <- -1 
upper <- 1 
growth_rate <- 0.05 
# Returns break pts b/w [-1,1] 
sig <- function(x) { 
    return(lower + ((upper-lower)/(1+exp(-growth_rate*x)))) 
} 

breaks <- sig(seq(-30, 30, by=1.0)) 
breaks <- append(-2, append(breaks, 2)) # Append min and max break pts 
ramp <- colorpanel(n=length(breaks)-1, low="green", mid="black", high="red") 

その後、私は私のヒートマップを走った：

# 'data' is a 1941 x 119 matrix 
heatmap.2(data, main="Heatmap Sigmoid",col=ramp, trace='none', breaks=breaks) 

誰もが、すべてが「黒」のビン（の濃淡）に投げ、それらの値を明らかにすることができますカラーランプを構築する方法を知っていますか？

Answer 1

あなたの一般的な解決策は正しいですが、あなたのブレークを生成する方法では良い結果が得られません。あなたのデータの分位数に基づいた配色はどうですか？

あなたはさらに分位数を台無し例えば、わずか10％、20％などよりも多くのブレークを指定するか、あなたのデータの他の変換をしようとする可能性

# Some fake data: 
data = matrix(sample(
    c(
    rgamma(1941*119, shape = 0.3, rate = 5), 
    -rgamma(1941*119, shape = 0.3, rate = 5) 
), 
    5000), nrow = 250) 
# similar to your histogram 
hist(data) 

# make breaks using data quantiles 
breaks = quantile(data, probs = seq(0,1,0.1) 
ramp <- colorpanel(n=length(breaks)-1, low="green", mid="black", high="red") 
heatmap.2(data, main="Heatmap Sigmoid",col=ramp, trace='none', breaks=breaks) 

平方根、ログなど