Biopython PDBモジュールの残基番号と残基名の取得

Question

現在、すべての残基番号を取得するためにpymolの繰り返しを使用していますが、それらを使用して残基名を取得します。私はそれがそれを行う最善の方法だとは思わない。私はbiopythonで無駄な方法を探してみました。あなたのご意見とご提案をお待ちしております。

時にはchain [i] .resnameでさえ、私にKeyError：（ ''、 'number'、 ''）を残して、tryとexceptブロックを使用させました。他の選択肢はありますか？

from Bio import * 
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser 
from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder 
structure = PDBParser().get_structure('5bmy', '5bmy.pdb')  
model = structure[0] 
chain = model['A'] 

import __main__ 
__main__.pymol_argv = ['pymol','-qc'] 
import pymol 
from pymol import cmd, stored 
pymol.finish_launching() 
cmd.load('5bmy.pdb') # use the name of your pdb file 
stored.residues = [] 
cmd.iterate('name ca', 'stored.residues.append(resi)') 
numbers = [ int(x) for x in stored.residues ] 
for i in numbers: 
    print (chain[i].resname) 

Answer 1

APIで（とコマンドdir(chain)経由チェーンに利用できるもので）見てから、私はこの方法get_residues()があることがわかります。含まれている残渣の1つを見ると、私には機能があることがわかりますget_resname()。これらを使用すると、問題の一つの解決策は次のようになります。

from Bio import * 
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser 
from Bio.PDB.Polypeptide import PPBuilder 
structure = PDBParser().get_structure('5bmy', '5bmy.pdb')  


model = structure[0] 
chain = model['A'] 

for i in chain.get_residues(): 
    print(i.get_resnames()) 

これはpymolを必要としないソリューションを提供します。