PDB BioPython-座標の抽出

Question

私はPythonには新しく、BioPythonでは、入力として座標を渡して、PDBファイルを与えられた原子のベクトルを計算する関数はありますか？

[OR]

PDBファイルとは別に座標を抽出するBioPython機能はありますか？

Answer 1

原子のためのこのような方法があり、surplringsingly get_vector()と呼ばれています。その後

from Bio.PDB import PDBParser 


p = PDBParser() 
s = p.get_structure("4K5Y", "4K5Y.pdb")      

for chains in s: 
    for chain in chains: 
     for residue in chain:        
      for atom in residue: 
       print(atom.get_vector()) 

、あなたはhere

文書化された各 Vectorオブジェクトに使用可能ないくつかのメソッドを持っています