Jupyter Rカーネルがクラッシュする

Question

JupyterでRを使用するために、AnacondaのR要点（私のコンピュータにRがインストール済み）をインストールしました。

Jupyterで新しいRノートブックを開くと、（何も入力しなくても）数秒後にカーネルがクラッシュし、再起動する必要があります。

私は端末に取得エラーが、私はそれが共有ライブラリに問題があるかもしれませんが、私はそれを解決する方法を見つけ出すことができないと思います

[I 12:30:36.297 NotebookApp] Kernel started: dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 

IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted [I 12:30:39.299 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [I 12:30:42.309 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (2/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted [I 12:30:45.315 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (3/5) IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [W 12:30:46.485 NotebookApp] Timeout waiting for kernel_info reply from dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 [I 12:30:48.322 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (4/5) WARNING:root:kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 restarted IRkernel::main() Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object '/home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so': /home/alberto/anaconda3/lib/R/library/rzmq/libs/../../../../libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /home/alberto/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/stringi/libs/stringi.so) Calls: :: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> Execution halted [W 12:30:51.329 NotebookApp] KernelRestarter: restart failed [W 12:30:51.329 NotebookApp] Kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 died, removing from map. ERROR:root:kernel dd5dd612-2c8f-4235-9619-1cf5a46b3e89 restarted failed! [W 12:30:51.361 NotebookApp] Kernel deleted before session

です...

Answer 1

（TEMPのFIX ONLY）

この議論を参照してください：https://groups.google.com/a/continuum.io/forum/#!topic/conda/nqPfPGYP--g

I WA私のカーネルは提案し、一時的な修正を使用して実行している取得することができ、S：

$ conda remove gcc libgcc

Answer 2

私は同じ問題を抱えていました。問題は、JupyterのRカーネルが古いバージョンのibstdC++。so.6を持っていた別の場所を探していたようです。手順以下

が私のために働いた（RとPythonがルートとしてインストールされたため、rootでログイン）：

cp -fv /usr/local/lib64/libstdc++* /lib64/ 
cd /lib64 
ln -sfT libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6 

説明：

[root@SERVER ~]# strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.3 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.7 
CXXABI_1.3.8 
CXXABI_1.3.9 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.9 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.8 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.7 
CXXABI_1.3.3 
[root@SERVER ~]# strings /lib64/libstdc++.so.6 | grep CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3 
CXXABI_1.3.1 
CXXABI_1.3.2 
CXXABI_1.3.3 
CXXABI_1.3.4 
CXXABI_1.3.5 
CXXABI_1.3.6 
CXXABI_1.3.7 

私たちは、その/ lib64に/のlibstdC++見ることができます。 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6

[root@SERVER ~]# ls /lib64/libstdc++.so.* -lrt 
-rwxr-xr-x 1 root root 830776 Mar 5 2015 /lib64/libstdc++.so.5.0.7 
lrwxrwxrwx 1 root root  18 Apr 29 2016 /lib64/libstdc++.so.5 -> libstdc++.so.5.0.7 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jan 27 01:46 /lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.19 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.19 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21 
-rw-r--r-- 1 root root  2397 Feb 3 21:41 /lib64/libstdc++.so.6.0.21-gdb.py 
[root@SERVER ~]# ls /usr/local/lib64/libstdc++* -lrt 
-rwxr-xr-x 1 root root  905 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.la 
-rw-r--r-- 1 root root 10964026 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++fs.a 
-rwxr-xr-x 1 root root 11103508 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.21 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 -> libstdc++.so.6.0.21 
lrwxrwxrwx 1 root root  19 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.so -> libstdc++.so.6.0.21 
-rwxr-xr-x 1 root root  965 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.la 
-rw-r--r-- 1 root root 28847974 Jun 15 2016 /usr/local/lib64/libstdc++.a 

より古いバージョンへのso.6ポイントだから、私はすべてのlibstd ++フィルコピー/ usr/local/lib64から/ lib64に移動し、ソフトリンクを新しいバージョンを指すように変更しました。