WindowsにインストールされているR 3.3.1内のRスクリプトの実行

Question

基本的な質問は申し訳ありません。 、

#!/usr/bin/env Rscript 

は、I型cuffdiff_gtf_attributes Rで：私は、スクリプトは下記の行で開始されているWindows 7にインストールされているR 3.3.1でenter link description hereでそれを見つけてください（cuffdiff_gtf_attributes呼ばRスクリプトを実行しようとしていますそれは、Error: object 'cuffdiff_gtf_attributes' not foundを言います。また、私は私返さRscript cuffdiff_gtf_attributesみました：。、私は仕事に思わsource('cuffdiff_gtf_attributes.R')を試してみました。またError: unexpected symbol in "Rscript cuffdiff_gtf_attributes". を、私はとして引数を追加

Error: 
usage: cuffdiff_gtf_attributes --input=<inputGTF> [--output=outputGTF] | --help 

しかし、怒鳴るようスクリプトの使用を返さ、それはそれを言う：Error: object 'file.gtf' not found。 ource('cuffdiff_gtf_attributes.R') --input file.gtfをSと私はまた、それが現在のパスで、あなたはenter link description here

すべてで、それの短いサンプルを見つけることができますError: unexpected symbol in "source('cuffdiff_gtf_attributes.R') --input file.gtf"

申し訳ありませんが、私はサンプルGTFファイルを投稿することができなかったことを言って、このコマンドを試してみました。スクリプトを実行するために私を助けてくれますか？

ありがとうございます。

Answer 1

これはスクリプトファイルです。 Rgui.exeの代わりにRscriptを使用して実行する必要があります。コマンドプロンプトから、file.gtfがあるディレクトリに移動し、実行します。

"%Programfiles%\R\R-3.3.3\bin\Rscript" cuffdiff_gtf_attributes.R --input=file.gtf