サブプロセスコマンドを使用してRスクリプトを呼び出すが、rスクリプトのLibrary（）コマンドは実行できない

Question

Rスクリプトを作成したので、RスクリプトをPythonから呼び出す必要があります。 Rスクリプトにはいくつかのパッケージが必要ですが、Pythonコードを実行するたびに次のエラーが発生します。

CalledProcessError: Command '['C:/Program Files/R/R-3.2.3/bin/x64/Rscript.exe', 'D:/Abhi/desktop/testing/SCRIPTS/JMOTIF/data-04-13/NewClassificationMethod.R', '51', '9', '20', '20', 'D://Abhi//desktop//testing//SCRIPTS//JMOTIF//data-04-13//PureAgri.csv', 'D://Abhi//desktop//testing//SCRIPTS//JMOTIF//data-04-13//PureForest.csv']' returned non-zero exit status 1

ライブラリコールをコメントアウトすると、エラーは発生せず、スクリプトも機能します。

小さな一例として次のコードは動作しません。

pythonArgs = commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
library(plyr) 
wSize= as.numeric(pythonArgs[1]) #as.numeric(pythonArgs[1])#Window Size 
paaSize=as.numeric(pythonArgs[2])#Pax approximation size 
cat(wSize, paaSize) 

をこのコードは

pythonArgs = commandArgs(trailingOnly = TRUE) 
#library(plyr) 
wSize= as.numeric(pythonArgs[1]) #as.numeric(pythonArgs[1])#Window Size 
paaSize=as.numeric(pythonArgs[2])#Pax approximation size 
cat(wSize, paaSize) 

かかわらず、次のように動作します私は現在のPythonからそれを呼び出しています方法です。

cmd = [command, path2Script] + args 
x = subprocess.check_output(cmd,universal_newlines = True) 

Answer 1

Pythonのサブプロess Popenを使用して、子プロセスからの出力またはエラーを条件付きで取り込みます。ここではRスクリプトです。

from subprocess import Popen, PIPE 

cmd = [command, path2Script] + args 
p = Popen(cmd, stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)    
output, error = p.communicate() 

if p.returncode == 0:    
    print('R OUTPUT:\n {0}'.format(output))    
else:     
    print('R ERROR:\n {0}'.format(error)) 

あなたはPOpenを実行していたが、より多くの有益なエラーメッセージは、パッケージのパス状況のことを思い出させて、Pythonのコンソールに直接つながります。

R ERROR: 
b"Error in library(plyr) : there is no package called 'plyr'\r\nExecution halted\r\n"