肺データセットの "coxph"機能からの予測に "pec" Rパッケージを使用

Question

Cox比例ハザードモデル用のcoxph R関数を使用して、ペナルティ化されたRパッケージから利用可能な肺データセットの予測を取得します。

私は次のコード例を持っています。

library(survival) 

library(pec) 

library(penalized) 

data("lung") 

data <- lung 

trainind <- sample(1:n,n*0.7) 

testind <- (1:n)[-trainind] 

frm <- as.formula(paste("Surv(time, status)~",paste(names(data[,-c(2,3)]), collapse="+"))) 

cox <- coxph(frm,data=data[trainind,]) 

PredError <- pec(list(Cox=cox),Hist(time,status)~1,data=data[testind,]) 

私はUseMethod（ "predictEventProb"、オブジェクト）で上記

エラーから次のエラーを取得： 'predictEventProb' のノー適用方法 は、クラス "coxph" のオブジェクトに適用さ

誰かがこの問題を解決できますか？

Answer 1

2つの問題dataデータセットで対処する必要があります。
- 欠損値
削除（または転嫁） - 0と1

library(survival) 
library(pec) 
library(penalized) 
set.seed(123) 
data("lung") 

# Delete rows with missing values 
data <- na.omit(lung) 
# Recode status as 0 and 1 
table(data$status) 
# 1 2 
# 47 120 
data$status <- data$status-1 

n <- nrow(data) 
trainind <- sample(1:n,n*0.7) 
trainset <- data[trainind,] 
testset <- data[-trainind,] 
frm <- as.formula(paste("Surv(time, status)~",paste(names(data[,-c(2,3)]), collapse="+"))) 
cox <- coxph(frm, data=trainset, y=TRUE) 
PredError <- pec(list("Cox"=cox), Hist(time,status)~1, data=testset) 
plot(PredError)