ヒートマップの距離行列とクラスタリング方法を設定します。

Question

ヒートマップ2は、クラスタリングのための距離行列とhclustを計算するためのデフォルトのdistです。 重心法を使うためにユークリッド法とhclustを使うdistをどのように設定できるのですか？ コンパイル可能なコードサンプルを提供しました。 私は試しました：distfun = dist（method = "euclidean"）、 しかし、それは動作しません。何か案は？

library("gplots") 
library("RColorBrewer") 

test <- matrix(c(79,38.6,30.2,10.8,22, 
81,37.7,28.4,9.7,19.9, 
82,36.2,26.8,9.8,20.9, 
74,29.9,17.2,6.1,13.9, 
81,37.4,20.5,6.7,14.6),ncol=5,byrow=TRUE) 
colnames(test) <- c("18:0","18:1","18:2","18:3","20:0") 
rownames(test) <- c("Sample 1","Sample 2","Sample 3", "Sample 4","Sample 5") 
test <- as.table(test) 
mat=data.matrix(test) 

heatmap.2(mat, 
dendrogram="row", 
Rowv=TRUE, 
Colv=NULL, 
distfun = dist, 
hclustfun = hclust, 
xlab = "Lipid Species", 
ylab = NULL, 
colsep=c(1), 
sepcolor="black", 
key=TRUE, 
keysize=1, 
trace="none", 
density.info=c("none"), 
margins=c(8, 12), 
col=bluered 
) 

Answer 1

heatmap.2ためのコードを一瞥私はデフォルトはdistを使用することをかなり確信している、それはデフォルトが順番にユークリッド距離を使用することです。 distfun = dist(method = 'euclidean')を渡す時、あなたの試みはうまくいきませんでした

理由はdistfun（およびhclustfun）は単に機能の名前ことになっているということです。

heatmap.2(...,hclustfun = function(x) hclust(x,method = 'centroid'),...) 

私が述べたように、私はheatmap.2はデフォルトでユークリッド距離を使用していることをかなり確信しているが、同様のソリューションは、次のことができます。あなたは、引数をデフォルト設定を変更して渡したいのであれば、あなたはこのようなラッパー関数を記述する必要があります使用される距離関数を変更するために使用されます：

heatmap.2(...,distfun = function(x) dist(x,method = 'euclidean'),...)