2017-08-28 1 views
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ggplot2でグラフを生成するコードをループしたかったのです。私のデータセットは "prot"のように見えますが、juts protは1つのアクセス権です。元のデータでは、私はより多くのアクセス権を持っています。 シングルアコーディオンの場合は、すばらしく見えます。ループするだけで、私は1ページあたり1回の反復を.pdf に配置すると考えましたが、それはありません。この1つのプロットはすでに結合されたプロットを作成していますので、どのようにして、どのように、そしてどこにfacet_wrapまたはfacet_gridを配置するのかはわかりません。 それとも他の解決策がありますか? 助けてください。ページごとにたくさんのプロットを得るためにggplot2をループする方法

'library(ggplot2) 

ggplot(prot, aes(factor(genotype), value, fill = Light)) + 
geom_bar(stat="identity", position = "dodge") + 
scale_fill_brewer(palette = "Set1") 




    '> prot 
    Accession genotype   variable  value Light 
    966 AT1G01050  WT ML_WT_Dejan_05 219971.1 ML 
    2828 AT1G01050  WT ML_WT_Dejan_06 286308.6 ML 
    4690 AT1G01050  WT ML_WT_Dejan_14 1177873.5 ML 
    6552 AT1G01050  m  ML_m_Dejan_08 861982.0 ML 
    8414 AT1G01050  m  ML_m_Dejan_10 3786163.0 ML 
    10276 AT1G01050  m  ML_m_Dejan_11 1289267.7 ML 
    12138 AT1G01050  f  ML_f_Dejan_01 400419.3 ML 
    14000 AT1G01050  f  ML_f_Dejan_04 929297.2 ML 
    15862 AT1G01050  f  ML_f_Dejan_09 12245991.9 ML 
    17724 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_Dejan_02 785773.5 ML 
    19586 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_Dejan_03 971133.1 ML 
    21448 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_dejan7 592207.0 ML 
    23310 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_Dejan_12R 347127.5 ML 
    25204 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_20 131817.0 FL 
    27134 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_39 560424.7 FL 
    29064 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_33 9304183.7 FL 
    30994 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_34 647452.4 FL 
    32924 AT1G01050  m  FL_m_Dejan_21 712381.5 FL 
    34854 AT1G01050  m  FL_m_Dejan_26 6089158.8 FL 
    36784 AT1G01050  m  FL_m_Dejan_28 11341334.1 FL 
    38714 AT1G01050  f  FL_f_Dejan_19 13140258.2 FL 
    40644 AT1G01050  f  FL_f_Dejan_31 11256554.9 FL 
    42574 AT1G01050  f  FL_f_Dejan_35 1621509.9 FL 
    44504 AT1G01050  f  FL_f_Dejan37 392228.2 FL 
    46434 AT1G01050  ntrc FL_ntrc_Dejan_30 9069074.8 FL 
    48364 AT1G01050  ntrc FL_ntrc_Dejan_38 562403.6 FL 
    50294 AT1G01050  ntrc FL_ntrc_Dejan29 175258.6 FL 
    79347 AT1G01050  WT LL_WT_Dejan_41 2443625.6 LL 
    81783 AT1G01050  WT LL_WT_Dejan_43 8529143.7 LL 
    84219 AT1G01050  WT LL_WT_Dejan_49 11054552.6 LL 
    86655 AT1G01050  m  LL_m_Dejan_44 14325152.0 LL 
    89091 AT1G01050  m  LL_m_Dejan_45 13114486.4 LL 
    91527 AT1G01050  m  LL_m_Dejan_54 8250430.1 LL 
    93963 AT1G01050  f  LL_f_Dejan_47 12431354.5 LL 
    96399 AT1G01050  f  LL_f_Dejan_48 11884118.5 LL 
    98835 AT1G01050  f  LL_f_Dejan_53 8408509.1 LL 
    101271 AT1G01050  ntrc LL_ntrc_Dejan_46 12214783.1 LL 
    103707 AT1G01050  ntrc LL_ntrc_Dejan_50 1286828.3 LL 
    106143 AT1G01050  ntrc LL_ntrc_Dejan_42 1819043.9 LL 

    plots<- list() 

    pdf("TEST_boxplot.pdf") 
    IDs<-unique(prot$Accession) 
    for (i in 1:length(IDs)){ 
    temp <- prot[(prot$Accession)==IDs[i],] 
    p<- ggplot(temp, aes(factor(genotype), value, fill = Light)) + 
    geom_bar(stat="identity", position = "dodge") + 
    scale_fill_brewer(palette = "Set1")+ 
    ggtitle(as.character(i)) 
    plots[[i]] <- p 
    #plots[[paste(i)]] = p 
    #multiplot(plotlist = plots, cols = 1) 
    } 
    dev.off() 
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私はちょうどtは、印刷(P)とのループをチェックして、実行I = 2を設定したときに、私はちょうど空のプロットを得た、うーん '印刷(P)'あなたのループ内 –

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を追加...また、私が追加されましたggtitleの後にprint(p)します。は動作しませんでした – tralala

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上記の 'prot'データセットを使用している場合、pdfファイルの結果ページ(およびプロット)は1(' Accession'は1レベルのみです)です。 'Accession'のためのより多くのレベルを持つデータセットを使ってみてください。私はいくつかのテストと作品を作った。 –

答えて

1

私はAccessionための2つのレベルでprotおもちゃのデータセットを生成しました。
次のコードは、TEST_boxplot.pdfファイルの2ページに2つのグラフを印刷します。
Hereが生成されたファイルです。

library(ggplot2) 

prot1 <- read.table(text=" 
n Accession genotype   variable  value Light 
    966 AT1G01050  WT ML_WT_Dejan_05 219971.1 ML 
    2828 AT1G01050  WT ML_WT_Dejan_06 286308.6 ML 
    4690 AT1G01050  WT ML_WT_Dejan_14 1177873.5 ML 
    6552 AT1G01050  m  ML_m_Dejan_08 861982.0 ML 
    8414 AT1G01050  m  ML_m_Dejan_10 3786163.0 ML 
    10276 AT1G01050  m  ML_m_Dejan_11 1289267.7 ML 
    12138 AT1G01050  f  ML_f_Dejan_01 400419.3 ML 
    14000 AT1G01050  f  ML_f_Dejan_04 929297.2 ML 
    15862 AT1G01050  f  ML_f_Dejan_09 12245991.9 ML 
    17724 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_Dejan_02 785773.5 ML 
    19586 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_Dejan_03 971133.1 ML 
    21448 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_dejan7 592207.0 ML 
    23310 AT1G01050  ntrc ML_ntrc_Dejan_12R 347127.5 ML 
    25204 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_20 131817.0 FL 
    27134 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_39 560424.7 FL 
    29064 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_33 9304183.7 FL 
    30994 AT1G01050  WT FL_WT_Dejan_34 647452.4 FL 
    32924 AT1G01050  m  FL_m_Dejan_21 712381.5 FL 
    34854 AT1G01050  m  FL_m_Dejan_26 6089158.8 FL 
    36784 AT1G01050  m  FL_m_Dejan_28 11341334.1 FL 
    38714 AT1G01050  f  FL_f_Dejan_19 13140258.2 FL 
    40644 AT1G01050  f  FL_f_Dejan_31 11256554.9 FL 
    42574 AT1G01050  f  FL_f_Dejan_35 1621509.9 FL 
    44504 AT1G01050  f  FL_f_Dejan37 392228.2 FL 
    46434 AT1G01050  ntrc FL_ntrc_Dejan_30 9069074.8 FL 
    48364 AT1G01050  ntrc FL_ntrc_Dejan_38 562403.6 FL 
    50294 AT1G01050  ntrc FL_ntrc_Dejan29 175258.6 FL 
    79347 AT1G01050  WT LL_WT_Dejan_41 2443625.6 LL 
    81783 AT1G01050  WT LL_WT_Dejan_43 8529143.7 LL 
    84219 AT1G01050  WT LL_WT_Dejan_49 11054552.6 LL 
    86655 AT1G01050  m  LL_m_Dejan_44 14325152.0 LL 
    89091 AT1G01050  m  LL_m_Dejan_45 13114486.4 LL 
    91527 AT1G01050  m  LL_m_Dejan_54 8250430.1 LL 
    93963 AT1G01050  f  LL_f_Dejan_47 12431354.5 LL 
    96399 AT1G01050  f  LL_f_Dejan_48 11884118.5 LL 
    98835 AT1G01050  f  LL_f_Dejan_53 8408509.1 LL 
    101271 AT1G01050  ntrc LL_ntrc_Dejan_46 12214783.1 LL 
    103707 AT1G01050  ntrc LL_ntrc_Dejan_50 1286828.3 LL 
    106143 AT1G01050  ntrc LL_ntrc_Dejan_42 1819043.9 LL 
", header=T) 

prot2 <- prot1 
prot2$Accession <- "AT3G53620" 
prot <- rbind(prot1,prot2) 

plots <- list() 
pdf("TEST_boxplot.pdf", onefile=T) 
IDs<-unique(prot$Accession) 
for (i in 1:length(IDs)){ 
    temp <- prot[(prot$Accession)==IDs[i],] 
    p<- ggplot(temp, aes(factor(genotype), value, fill = Light)) + 
    geom_bar(stat="identity", position = "dodge") + 
    scale_fill_brewer(palette = "Set1")+ 
    ggtitle(as.character(i)) 
    plots[[i]] <- p 
    print(p) 
} 
dev.off() 
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こんにちは、ありがとうございます。 [link](https://filebin.net/53km4lrehwoob9hu) 'figure'を見てください。なぜ私は自分のデータのコードを適用しようとすると、それぞれの複製に対して棒を描画し、あなたの例ではなく、私の例では外ループで描画しているのか理解できません。 O.oそれは奇妙です...私はもっと努力しますが、ありがとうございます – tralala

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@tralalaまずは、複数ページのpdfを入手しましたか? 2番目: 'str(prot)'の出力を投稿できますか( 'prot'はあなたの競合データセットです)? –

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ありがとうございます!私は授業で問題を抱えていました。皆さんが助けてくれてありがとうございます。はい、私はページと私が持っていたものすべてを手に入れます。 – tralala

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