リストを生成するためにggplot2のループを使用する

Question

を使用してggplotsのリストを生成したいと考えています。

sig_snp<-c("rs644045_A","rs12997044_C","rs17739727_A") 

p_re<-list() 

for (i in sig_snp){ 
test %>% dplyr::select(i,type,micro1) %>% 
ggplot(aes(factor(type),log(micor1))) + 
geom_boxplot(aes(fill = factor(i)))+ 
xlab('')+ylab('log abundance')->p_re[[i]] 
} 

ERROは以下を示しています。

Error: All select() inputs must resolve to integer column positions. The following do not: * i

私はこのようにforループ内の各iをテストした：

test %>% dplyr::select(rs644045_A,type,micro1) %>% 
    ggplot(aes(factor(type),log(micor1))) + 
    geom_boxplot(aes(fill = factor(rs644045_A)))+ 
    xlab('')+ylab('log abundance') 

それは単独で働いていたが、なぜループで動作しません？

Answer 1

からアイデアを得ましたリストを出力するlapplyを使用する例：

library(ggplot2) 

#dummy data 
test <- mtcars 

#significant SNPs 
sig_snp <- c("mpg", "cyl", "disp") 

#create list of ggplots per SNP 
p_re <- 
    lapply(sig_snp, function(i){ 

    ggplot(test, aes_string("qsec", i)) + 
     geom_point() 

    }) 

#assign names 
names(p_re) <- sig_snp 

#plot 
p_re$mpg 

Answer 2

トリッキーな部分はselect_とget()です：

get()答えはここからだった：Remove quotes from a character vector in R

しかし、私の場合には、それはおそらく倍増する予定であると考えloop.Iでは動作しませんでした私のコードのループ（私はわかりません）。

はとにかく、それを作るための別の方法があります：

test[,c(sig_snp,"type","micro1")]%>% 
    melt(id=c("type","micro1"))%>% # head() 
    ggplot(aes(factor(type),log(micro1))) + 
    geom_boxplot(aes(fill = factor(value)))+ 
    xlab('')+ylab('log abundance')+facet_grid(.~variable) 

私はあなたのリストにSNPあたりggplot出力を維持する必要がある場合、それはおそらく良いですここLooping over variables in ggplot