ベッドグラフをggplot2にプロットする

Question

私は以前にSushiパッケージのplotBedgraph機能を使用してベッドグラフプロットを生成していましたが、現在私のラボが使用している他のプロットコードと互換性がないためggplot2を使って再作成しようとしています。

濃度プロットはプロットに適しているようですが、経験の浅いRユーザーがPythonから来ているので、正しい引数をプロット関数にデータで書き込むことができませんでした。以下の画像をggplotに複製することは可能でしょうか？おそらく密度プロットや他の適切なプロット関数ですか？

プロットを生成するために使用されるデータを以下に示します。

chr13 0 41982 0.00000 
chr13 41982 41994 0.10076 
chr13 41994 42007 0.90151 
chr13 42007 42009 1.73827 
chr13 42009 42025 1.74104 
chr13 42025 42040 2.55356 
chr13 42040 42058 3.49472 
chr13 42058 42072 4.29485 
chr13 42072 42074 5.19204 
chr13 42074 42076 4.29485 
chr13 42076 42080 4.29924 
chr13 42080 42085 4.30696 
chr13 42085 42090 4.31473 
chr13 42090 42093 4.32252 
chr13 42093 42096 4.33021 
chr13 42096 42099 4.33801 
chr13 42099 42100 5.24009 
chr13 42100 42107 4.33801 
chr13 42107 42129 4.34580 
chr13 42129 42145 3.54015 
chr13 42145 42149 2.60059 
chr13 42149 42164 2.57264 
chr13 42164 42167 2.29211 
chr13 42167 42190 2.57264 
chr13 42190 42191 1.74104 
chr13 42191 42193 2.57264 
chr13 42193 42203 1.44231 
chr13 42203 42212 1.74104 
chr13 42212 42220 0.91309 
chr13 42220 42221 0.96337 
chr13 42221 42222 0.11592 
chr13 42222 42225 0.16794 
chr13 42225 42235 0.17174 
chr13 42235 42242 0.17557 
chr13 42242 42249 0.17939 
chr13 42249 43000 0.00000 

Answer 1

これはいかがですか？

ggplot(data) + geom_rect(aes(xmin=start,xmax=end,ymin=0,ymax=value))

はそれだけで塗りつぶされた矩形、不要論争としてあなたの間隔のそれぞれを描画します。

Answer 2

これは完全にSushiパッケージからplotBedgraphを再現していませんが、あなたは試みることができる：

ggplot(df, aes(x=start, y=value)) + 
    geom_step() + 
    theme_classic() 

塗りが欠けていますが、そうでなければかなり近くになります。