2011-12-08 14 views
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ggplot2でggstructureを使用する方法を理解しようとしています。ドキュメンテーションの例を使用すると、正常に動作するサンプルコードを得ることができます:ggstructure(mtcars)。しかし、ファイルから読み込んだ自分のデータから任意のプロットを生成するggstructureを得ることはできません。たとえば、次のようにggplot2でプロットするためにggstructureを取得する方法

私のデータは次のようになります。

colors,hue,saturation,vibrance 
BLUE,10,2,100 
RED,2,86,2 
GREEN,45,23,11 

私のコードは次のようになります。

library(ggplot2) 
data <- read.table("/path/to/data", head=TRUE, sep=",') 
ggstructure(data) 

私はggstructureにプロットしてみたとき、私は

Error: Non-continuous variable supplied to scale_fill_gradient2. 
In addition: Warning messages: 
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, ri, value = c(1L, 3L, 2L, NA, NA, NA)) : 
invalid factor level, NAs generated 
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, ri, value = c(1L, 3L, 2L, NA, NA, NA, NA, : 
invalid factor level, NAs generated 
3: In `[<-.factor`(`*tmp*`, ri, value = c(1L, 3L, 2L, NA, NA, NA, NA, : 
invalid factor level, NAs generated 

取得私はデータを連続的に変更しようとしましたが、同じ問題が発生しました。誰も助けることができますか?ありがとう。

答えて

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コードを見ると、のラッパーであるggstructureは実際には非連続データで使用することを意図していませんでした。

パラレル座標プロット関数ggpcpは、データセット全体を再スケーリングして溶かしようとします。これにより、元のデータセットの「変数」でグループ化された単一のy変数になります。連続変数とカテゴリ変数が混在している場合は、これが要因に強制され、突然プロットする方法は明確ではありません。

ショートバージョンは、連続変数とカテゴリ変数が混在している場合は、自分で何かを調理する必要があります。

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お返事ありがとうございます。私が混乱しているのは、 'mtcars'と' diamond'データセットを 'ggstructure'でプロットすることができますが、私のデータセットがそれらの例と何か違うのか分かりませんか? – drbunsen

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はっきりしているように、私は、x軸上の色とy軸上の色相、彩度、および鮮やかさを持つプロットを作成することを検討しています。これは、値を示す色の強度を持つ9×9プロットを生成するはずです。 – drbunsen

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@ dr.bunsen 'diamonds'で実行すると、同じエラーが発生します。 – joran

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