ggplot2を使ってどのようにプロットすればよいか知りたい。 bdata [、c（25:54）]は、遺伝子発現の値を持つデータフレームから30列です。各列は遺伝子です。ggplot2でk-meanクラスタをプロットする
cl <- kmeans(t(bdata[,c(25:54)]), 3)
plot(t(bdata[,c(25:54)]), col = cl$cluster)
points(cl$centers, col = 1:3, pch = 8, cex=2)
kmeansクラスタをggplot2でプロットするには、plot関数と同じプロットを得るにはどうすればよいですか？
だから、私はあるが、ここでは、虹彩データフレームとの一例である何BDATAを知らない：
iris %>% select(-Species) %>% # remove Species column
kmeans(centers=3) -> # do k-means clustering with 3 centers
km # store result as `km`
そこでここでは、3種の中にある知っているので、3つのセンターがありますデータセットプロットするために、我々は、クラスターをファクターとし、連続変数ではないことを望む。
iris_clustered <- data.frame(iris, cluster=factor(km$cluster))
ggplot(iris_clustered, aes(x=Petal.Width, y=Sepal.Width, color=cluster,
shape=Species)) + geom_point()
私はこの例を見ましたが、私のデータでは同じではありません。ここではデータは列ですが、 "kmeans"を行うためにデータを転置しなければならず、xにプロットする変数は2つありません花びらと葉の幅のようなものです。 –
あなたは（好ましくは 'dputを（）'を使用して）あなたのデータの代表的なサブセットを投稿できますか？それがなければ、私たちはあなたを見失ってしまいます。 – AkselA