R networkD3パッケージ：simpleNetwork内のノードの色（）

Question

networkD3パッケージは、（hereとhereを参照してください）簡単なインタラクティブなネットワークを作成をユーザーに許可する：

# Load package 
library(networkD3) 

# Create fake data 
src <- c("A", "A", "A", "A", 
     "B", "B", "C", "C", "D") 
target <- c("B", "C", "D", "J", 
      "E", "F", "G", "H", "I") 
networkData <- data.frame(src, target) 

# Plot 
simpleNetwork(networkData) 

は、私は内のすべての要素をしたいことを指定する方法はありますsrcベクターを特定の色にする一方で、targetベクターのすべての要素を異なる色にすることができるか？これにより、ネットワーク内のtargetノードからノードsrcを視覚的に区別することができます。

この機能は現在simpleNetwork()ではサポートされていないようです（私は誰かが自作のスクリプトで私を助けることができる願っています）：

関連ではないが類似の質問がasked hereました。

Answer 1

ここforceNetworkでノードの色を制御する方法を説明します。いくつかのノードがいくつかのリンクのソースであり、他のノードのターゲットであるため、これはリンクの方向を教えてくれないことに注意してください。そうすれば、そのロジックを何とか考え直す必要があります。しかし、とにかく、ここではノードの色を制御しています。上記

# Load package 
library(networkD3) 
library(dplyr) # to make the joins easier 

# Create fake data 
src <- c("A", "A", "A", "A", 
     "B", "B", "C", "C", "D") 
target <- c("B", "C", "D", "J", 
      "E", "F", "G", "H", "I") 
networkData <- data.frame(src, target, stringsAsFactors = FALSE) 

nodes <- data.frame(name = unique(c(src, target)), stringsAsFactors = FALSE) 
nodes$id <- 0:(nrow(nodes) - 1) 


# create a data frame of the edges that uses id 0:9 instead of their names 
edges <- networkData %>% 
    left_join(nodes, by = c("src" = "name")) %>% 
    select(-src) %>% 
    rename(source = id) %>% 
    left_join(nodes, by = c("target" = "name")) %>% 
    select(-target) %>% 
    rename(target = id) 

edges$width <- 1 

# make a grouping variable that will match to colours 
nodes$group <- ifelse(nodes$name %in% src, "lions", "tigers") 

# simple with default colours 
forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
      Source = "source", 
      Target = "target", 
      NodeID ="name", 
      Group = "group", 
      Value = "width", 
      opacity = 0.9, 
      zoom = TRUE) 

# control colours with a JS ordinal scale 
# edited 20 May 2017 with updated code from Renal Chesak's answer: 
ColourScale <- 'd3.scaleOrdinal() 
      .domain(["lions", "tigers"]) 
      .range(["#FF6900", "#694489"]);' 

forceNetwork(Links = edges, Nodes = nodes, 
      Source = "source", 
      Target = "target", 
      NodeID ="name", 
      Group = "group", 
      Value = "width", 
      opacity = 0.9, 
      zoom = TRUE, 
      colourScale = JS(ColourScale)) 

Answer 2

リンクされた投稿と同様のことができますが、ここにはvisNetworkパッケージを使用した例があります。このパッケージはvis.jsとインターフェースし、とても素晴らしいインタラクティブなグラフを作成します。

library(visNetwork) 
id <- unique(c(src, target))         # node ids 
nodes <- data.frame(id, group=+(id %in% src),     # add a grouping for src/target 
    label=id, title=sprintf('<p>Node %s</p>', id))    # add some labels 
g <- visNetwork(nodes=nodes, edges=networkData, width="75%") # make graph 
visExport(visHierarchicalLayout(g))       # make it tree-like 

Answer 3

ピーター・エリスの答えは、一度に働いているかもしれないが、コードが新しいリリースで更新されているようです。代わりにd3.scale.ordinal().range([])の、あなたが使用する必要がありますd3.scaleOrdinal().range([])

Answer 4

ピーター・エリス答えは仕事をしていませんが、これは

library(networkD3) 

src <- c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "C", "C", "D") 
target <- c("B", "C", "D", "J", "E", "F", "G", "H", "I") 
networkData <- data.frame(src, target, stringsAsFactors = FALSE) 

# make a nodes data frame out of all unique nodes in networkData 
nodes <- data.frame(name = unique(c(networkData$src, networkData$target))) 

# make a group variable where nodes in networkData$src are identified 
nodes$group <- nodes$name %in% networkData$src 

# make a links data frame using the indexes (0-based) of nodes in 'nodes' 
links <- data.frame(source = match(networkData$src, nodes$name) - 1, 
        target = match(networkData$target, nodes$name) - 1) 

forceNetwork(Links = links, Nodes = nodes, Source = "source", 
      Target = "target", NodeID ="name", Group = "group", 
      opacity = 1, opacityNoHover = 1)