ヒートマップで行ラベル（注釈）を追加する方法

Question

Rstudioでヒートマップを使用してヒートマップを作成するためのスクリプトは次のとおりです。すべてがうまく見える、着色、dendogramのサイズと位置、フォントサイズ、列の注釈（ラベル）、私は行ラベルを追加するように見えることはできません。

マイデータファイルヘッダー行とタブ区切りのテキストファイル、（ヒートマップの列名）、であり、第一列は

（私はそれらをヒートマップ内の行ラベルとして表示する）サンプル名を持っていますここにスクリプトがあります：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("ComplexHeatmap") 
library(ComplexHeatmap) 
filename <- "Data.txt" 

my_data <- read.table(filename, sep ="\t", quote = "", stringsAsFactors =`FALSE,header = TRUE)` 

# Make the heatmap data into a matrix 
# [all rows, columns 2-13] 
# Leave out 1st column (sample names) since they don't not belong in the heatmap 

my_matrix <- as.matrix(my_data[ ,c(2:13)]) 

# Cluster by rows only, not columns 
# Increase dendogram width 
# Change font size to 0.8 

Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
     column_names_gp = gpar(cex=0.8), 
     row_hclust_width = unit(3, "cm")) 

私のヒートマップには何も表示されません（列ラベルのみ）。

Answer 1

これは少し遅れているが、あなたはあなたの行列に行名を切り替えることができます申し訳ありません：

rownames(my_matrix) <- my_matrix[,1]

その後show_row_names引数紹介：

Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
       column_names_gp = gpar(cex=0.8), 
       row_hclust_width = unit(3, "cm") 
       show_row_names = TRUE) 

または代わりにあなたが行ラベルを追加することができますがアノテーションとして：

ht <- Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
       column_names_gp = gpar(cex=0.8), 
       row_hclust_width = unit(3, "cm")) 

ha_row <- rowAnnotation(names = row_anno_text(x = paste(my_matrix[,1]), just = "left", gp = gpar(fontsize = 11)), show_annotation_name = FALSE) 

draw(ht + ha_row)