ヒートマップを使用してヒートマップに行名を追加

Question

Rstudioでいくつかの遺伝子発現のヒートマップを描きますが、行名（サンプルまたは遺伝子名でなければなりません）は数字で置き換えられます。私はsome postsをチェックしましたが、チャンスはありません。申し訳ありませんが、それは簡単な質問であるか、重複した場合、私は新しいR.

。ここ

は私のRスクリプトです：

############################################################### 

library(heatmaply) 

filename <- "TFzebra-TMM-name.matrix" 

head(filename) 

my_data <- read.table(filename, sep='\t', quote='', stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) 
head(my_data) 
dim(my_data) 
nrow(my_data) 
ncol(my_data) 
row.names(my_data) <- my_data$samples 
head (my_data) 
my_data <- my_data[, -1] 
head(my_data) 
data <- my_data/rowSums(my_data) 
my_matrix <- as.matrix(data) 

heatmaply(data, xlab = "Features", ylab = "Transcription Factors", 
      scale = "column", 
      main = "Data transformation using 'scale'", 
      margins = c(60,100,40,20)) 

注：

> head (my_data) 
    samples J1 J2 J3 H1 H2 H3 
1 zf-C2H2 0.00 0 0 0.507 0.232 0.540 
2  baz2a 0.00 0 0 0.355 0.342 0.132 
3 baz2ab 0.00 0 0 0.091 0.070 0.163 
4 kdm5ba 0.00 0 0 1.835 0.856 1.527 
5  dbpa 0.00 0 0 5.344 5.355 0.000 
6 LOC555983 0.02 0 0 0.294 0.634 0.835 

注2：

> my_data <- my_data[, -1] 
> head(my_data) 
    J1 J2 J3 H1 H2 H3 
1 0.00 0 0 0.507 0.232 0.540 
2 0.00 0 0 0.355 0.342 0.132 
3 0.00 0 0 0.091 0.070 0.163 
4 0.00 0 0 1.835 0.856 1.527 
5 0.00 0 0 5.344 5.355 0.000 
6 0.02 0 0 0.294 0.634 0.835 

Answer 1

最初の列をrow.names属性に追加する必要があります（rownames関数を使用します。はい、わかりました。それを取り除く。それは次のとおりです。将来のために

rownames(my_data) <- my_data[, 1] 
my_data <- my_data[, -1] 
library(heatmaply) 
heatmaply(my_data) # should now work 

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