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Sun Grid Engineでbashスクリプティングを理解しようとしています

bashスクリプト内で整数変数を使用して、Sun Grid Engine（qsubを使用）に送信しようとしています。誰かがこれがなぜ機能しないのかを明確にすることはできますか？ NUMCORES=32 #$ -pe mpi $NUMCORES （「エラーのため、スクリプト・ファイルを読み取ることができません！：数値が無効文字列の最初の部分を "エラーが発生します$ NUMCORES" 何進数を

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SGEがジョブのサブミットに失敗しました。属性はメモリ値ではありません。

mem属性のジョブをサブミットできませんでした。私は初心者で、2日後にはGoogleから助けを求めます。どんな提案も感謝しています！続きは、私が行っていたものです： \ 1。スクリプトを提出してください： qsub -S /bin/bash -A assembly -pe threads 16 -l mem=2GB -cwd -N "pBcR_correct_asm" -j y -o /dev/

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qsubのJavaプログラムの出力をリダイレクト

現在、qsubを使用して複数のJava実行可能プログラムを実行しています。は、私は2つのスクリプトを書いた：1）qsub.sh、2）でrun.shを考える qsub.sh #! /bin/bash echo cd `pwd` \; "[email protected]" | qsub run.sh #! /bin/bash for param in 1 2 3 do ./qsub.s

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qsubコマンドのノードをsgeで除外

私は200個以上のジョブを持っています。私は2つの質問にそれらを提出します。クエストの1つに、私が仕事を提出したくないマシンがあります。そのマシンをどのように除外できますか？ qsub -q [email protected] [email protected] [email protected] q2.q

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コメントの変数展開

bashスクリプト内のコメント内の変数を展開することはできますか？ SGEに入力するスクリプトを作成したいと思います。 qsubの構文では、#$で始まるbashスクリプト内の行を使用して、グリッドエンジンに追加のパラメータを渡すことができます。例えば、私が欲しいもの #$ -q all.q #$ -S /bin/bash #$ -V #$ -m beas #$ -o run_2012010

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SLURMのトップレベルスクリプトを持たないバイナリを実行する

SGE/PBSでは、私はローカルと同じようにバイナリ実行可能ファイルをクラスタに送信できます。たとえば、 qsub -b y -cwd echo hello 出力ファイルに「hello」という単語を書き込むechoという名前のジョブを送信します。同様のジョブをSLURMに提出する方法を教えてください。このファイルには、最初の行にハッシュ・バング・インタプリタがあると想定しています。 SLUR

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sun gridengineのジョブあたりのコア制限

現在、私はgridengineを使ってUbuntu 16.04にgridengineを設定しています。私が使用したい機能のほとんどは機能しています。これらのソフトウェアパッケージは... 私は32コアのマシン（64スレッド）私はMatlabのようなソフトウェアを使用してジョブを実行しているを持つことができます。しかし、私は次のような問題に苦しんでいますcalcultionため現在の状況を複

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ipclusterは0

をランク付けしている私はIPythonを設定Sun Grid Engineのを使用するようにipclusterを平行して物事がうまく動作するように見える： ipcluster start -n 100 --profile=sge 2016-07-15 14:47:09.749 [IPClusterStart] Starting ipcluster with [daemon=False] 2016

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sunグリッドエンジン/グリッドスケジューラのbashスクリプトでエラーを無視する

SGEジョブのbashエラーにより、ジョブ全体が停止し、エラー状態になることがわかりました。私はその意義を理解していますが、プログラミングが悪いとbashエラーが発生する可能性があり、そのエラーを無視して残りのSGEジョブを実行したいという状況があります。 bashエラーが発生した場合、qsub/SGEがジョブをエラー状態にしないようにすることはできますか？

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Sun Grid EngineでIPython Parallelを使用する

私は、Sun Grid Engineを実行しているクラスタでシミュレーションを実行する、非常に一般的なシナリオでIPython Parallelを使用しようとしています。この。は、ここで私が何をしようとしていますものです：が、私はいくつかの異なるパラメータ値を持つ（numpyのアレイを使用して）数値シミュレーションを実行したい - タスクが/「あきれる」パラレル明らかにされています。 Grid