rentrez

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これは長い間巻き込まれているので、私と一緒に裸にしてください。 entrez_fetchは一度に特定の番号しか実行できないため、私は2000個のPMIDをいくつかのベクトル（長さがそれぞれ約500）で1つのリストに分解しました。。私がPubMEDを照会すると、各出版物のXMLファイルから情報を抽出しています。私は終わりにしたいと思いますが、このようなものです： Original.PMID Pu

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どのタンパク質IDがどの遺伝子IDにリンクされているのかをrentrez

私はタンパク質IDの束を持っており、タンパク質IDを失うことなく対応するコード配列（CDS）を取得したいと思います。私は対応するCDSをダウンロードすることができましたが、残念ながら、CDS IDはNCBIのタンパク質IDと大きく異なります。私は、次のRコードがあります。 library(rentrez) Prot_ids <- c("XP_.1","XP_004866438.1","XP_0

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forループからデータフレームにデータを格納する - rentrez

rentrezパッケージを使用して、PubMedエントリを持つSNPのリストを検索しようとしています。以下のコードを実行すると、NULLデータフレームが生成されます。私はデータフレームを正しく書いていないと思う。 library(rentrez) term <- c('AKR1C1[GENE] AND snp_pubmed[Filter] AND Homo sapiens[Organism]'

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rentrezを使ってpubmedから著者と所属を解析する

私の全体的な目標は、共同制作者のネットワークグラフを構築することです。私はPubMed IDのリストを持っています。これらは共著者ネットワークのグラフ作成に興味のある唯一の出版物です。私はrentrezを使って、私の質問に著者名とそれぞれの所属を一緒にする方法を理解できません。私は両方の情報を得ることができますが、提携のリストは私の著者リストより約300少ないので、明らかに提携を提供していない人も