rentrezを使ってpubmedから著者と所属を解析する

Question

私の全体的な目標は、共同制作者のネットワークグラフを構築することです。私はPubMed IDのリストを持っています。これらは共著者ネットワークのグラフ作成に興味のある唯一の出版物です。私はrentrezを使って、私の質問に著者名とそれぞれの所属を一緒にする方法を理解できません。私は両方の情報を得ることができますが、提携のリストは私の著者リストより約300少ないので、明らかに提携を提供していない人もいますが、私は誰を理解できません。著者と所属を組み合わせて検索する方法はありますか？ [私は私のentrez_fetchで両方をしたときは、それだけで私はまだその作者で所属する所属把握することはできませんので、別途、私に著者と所属のリストを与えた。]

library(tidyverse) 
library(rentrez) 
library(XML) 

trial<-entrez_fetch(db="pubmed", id=pub.list$PMID, rettype="xml", parsed=TRUE) 
affiliations<-xpathSApply(trial, "//Affiliation", xmlValue) 
first.names<-xpathSApply(trial, "//Author/ForeName", xmlValue) 

これは、すべてが正常に動作しますが、私はできます長さが異なるためにどの著者がどの提携関係にあるのか把握していない。

ご協力いただければ幸いです。ありがとう！

Answer 1

あなたが好きなものを試みることができる：

xpathSApply(trial, "//Author", function(x) { 
    author_name <- xmlValue(x[["LastName"]]) 
    author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]]) 
    c(author_name,author_affiliation) 
    }) 

それは各//Authorノードに対してこれらの値を取得することによって、最初の行で自分の所属作家の2行目の最後の名前を返します。

Answer 2

last.name<-xpathSApply(trial, "//Author", function(x) { 
    author_name <- xmlValue(x[["LastName"]])}) 

affiliation<-xpathSApply(trial, "//Author", function(x) { 
    author_affiliation <- xmlValue(x[["AffiliationInfo"]][["Affiliation"]])}) 

これは、NicEのフォーマットに従って、私が使い終わったものです。これが働いています - 現在、関連団体のNAがどこにあるのか分かります。