biomart

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    データフレーム内の隣接する行が一致する場合、あるデータフレームの列名を別のデータフレームの値に置き換えようとしています。上記の例で head(df1) ensembl_gene_id mgi_symbol ENSMUSG00000021252 0610007P14Rik ENSMUSG00000007777 0610009B22Rik ENSMUSG00000086714 061000

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    SNPの場所に関する情報を取得しようとしていました。私はこのウェブサイトからの回答の指示に従っしようとしましたが、コマンドはもう動作しません: library(biomaRt) # biomaRt_2.30.0 snp_mart = useMart("ENSEMBL_MART_SNP", dataset="hsapiens_snp") snp_ids = c("rs16828074", "

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    遺伝子記号(例:TTN)と遺伝子ID(例:ENSG00000155657)からヒトゲノムの遺伝子位置を取得します。私はbiomaRt Rのパッケージを使ってやりたいと思います。どうすればいいですか?

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    1答えて

    私はRの専門家ではありませんが、興味のある領域にある遺伝子を見つけるためにbiomaRtパッケージを使用することを学びたいと考えています。 私は次のコードでEnsemblのデータセットを使用して有効な出力を生成するために管理してきました :私は「EntrezGeneのは」NCBI遺伝子IDに対応していることを知っている > mart= useMart(biomart="ensembl",datas

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    私は遺伝子の長いデータフレームとそれらのための様々な形式のIDを持っています(例えば、OMIM、Ensembl、Genatlas)。私は各遺伝子に関連するすべてのSNPのリストを取得したいと思います。 (これはthis questionの逆です) これまでのところ、私が見つけた最良の解決策はbiomaRt package (bioconductor)です。 hereを実行する必要のあるルックアップ