エラーがなくなるまでrスクリプトの一部を実行するには

Question

Rでいくつかのパッケージを一度に読み込むことができないので、複数回繰り返す必要があります。したがって、これらのパッケージが完全にロードされるまで、これらのパッケージをすべてロードする必要があります。それらがすべて正常にロードされるまで、繰り返しロードするようにプログラムする方法はありますか？

library(biomaRt) 
    library(dplyr) 
    library(stringi) 
    library(GenomicFeatures) 
    library(Rsamtools) 
    library(foreach) 
    library(doMC) 
    library(doMC) 

Answer 1

私はクールな方法を見つけた：

Rで試し（）関数は、エラーがスローされた場合、スクリプトを実行するに進めます。 library（）関数はパッケージをロードし、失敗した場合はエラーをスローします。

基本的には、すべてループは、すべてが正常にロードされるまで、5秒ごとにパッケージをリロードしようとするループです。を設定します。素晴らしい診断メッセージを追加しました。

myPackages <- c("ggplot2", "stats", "zoo") 
tryCount <- 0  

while(!all(myPackages %in% (.packages()))){ 

    try(library(ggplot2)) 
    try(library(stats)) 
    try(library(zoo)) 

    tryCount <- tryCount + 1 

    if(!all(myPackages %in% (.packages())) ){ 
    cat(paste0("Failure: ", tryCount, "\n")) 
    cat("Failed to load: ") 
    cat(myPackages[ !myPackages %in% (.packages()) ]) 
    cat("\n") 
    } else { 
    print(paste0("Success!")) 
    } 

    Sys.sleep(5) 

}