Trim Illuminaはbam/samファイルを読み込みます

Question

私はfastq形式で読み込みをトリミングするためのツールをたくさん見つけましたが、すでに整列された読み込みをトリミングするためのツールはありますか？

Answer 1

アライメントをトリミングプロトコルに通知したいのですか、または品質値などのトリミングをしたいですか？ 1つのアプローチは、簡単にFASTQに変換してから、無数の従来のトリミングオプションを使用することです。あなたはピカードでこれを行うことができます。

http://picard.sourceforge.net/command-line-overview.shtml#SamToFastq

Answer 2

私は個人のトリミング阻止するだろうことは、あなたはあなたがトリミングしようとしているシーケンスは、アダプター配列である場合は特に読み整列させた後に読み込みます。

これらのアダプター配列が存在すると、読み込みがゲノムに正しく整列できなくなります（私の経験からはるかに低い整列率が得られます）。アラインメントが既に不正確であるため、アライメント後のシーケンスをトリムすること（ガーベッジ・イン、ゴミ・アウト）は全く無意味です。

fastqファイルを整列する前にトリミングする方がずっと良いでしょう。

Answer 3

1つの可能性は、ClipReadsなどのGATKツールセットを使用することです。アダプターを削除する場合は、ReadAdaptorTrimmerを使用できます。 fastqに変換するバックは必要ありません（Documantation：http://www.broadinstitute.org/gatk/gatkdocs/）。

ピカードは、もちろん別の可能性があります。