デフォルトのエントリがNAであるスパース行列の作成（およびアクセス）

Question

options for working with sparse matrices in Rについて学んだら、Matrixパッケージを使用して、次のデータフレームからスパース行列を作成し、他のすべての要素をNAにします。

 s r d 
1 1089 3772 1 
2 1109 190 1 
3 1109 2460 1 
4 1109 3071 2 
5 1109 3618 1 
6 1109 38 7 

私は、私はいつものように要素にアクセスする、次のようにスパース行列を作成することができます知っている：

> library(Matrix) 
> Y <- sparseMatrix(s,r,x=d) 
> Y[1089,3772] 
[1] 1 
> Y[1,1] 
[1] 0 

を私はNAであることを、デフォルト値を持つようにしたい場合は、私は次のことを試してみました：

M <- Matrix(NA,max(s),max(r),sparse=TRUE) 
    for (i in 1:nrow(X)) 
    M[s[i],r[i]] <- d[i] 

と、このエラーを得た

Error in checkSlotAssignment(object, name, value) : 
    assignment of an object of class "numeric" is not valid for slot "x" in an object of class "lgCMatrix"; is(value, "logical") is not TRUE 

それだけでなく、要素へのアクセスにはかなり時間がかかります。

> system.time(Y[3,3]) 
    user system elapsed 
    0.000 0.000 0.003 
> system.time(M[3,3]) 
    user system elapsed 
    0.660 0.032 0.995 

このマトリックスはどのように作成する必要がありますか？なぜ、1つのマトリックスがそれほど遅く動作するのですか？

は、ここでは上記のデータのためのコードスニペットです：

X <- structure(list(s = c(1089, 1109, 1109, 1109, 1109, 1109), r = c(3772, 
190, 2460, 3071, 3618, 38), d = c(1, 1, 1, 2, 1, 7)), .Names = c("s", 
"r", "d"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame") 

Answer 1

はい、ティエリーの答えは、私はあなたの他の質問に...「マトリックス」パッケージの共著者として

を言うことができます間違いなく本当です：なぜ「M」にアクセスしている「Y」より遅いですか？ 主な答えは、 "M"は "Y"よりもはるかに疎であるため、プラットフォームのサイズとRAMに応じて、はるかに小さいオブジェクトではアクセス時間が短縮されます。それら。

Answer 2

デフォルトNA値をしたいのはなぜ？私が知る限り、行列はゼロセルを持つ場合にしか疎ではありません。 NAはゼロ以外の値なので、スパース行列のメリットはすべて失われます。古典的な行列は、行列にゼロがほとんどない場合、さらに効率的です。古典的な行列は、次元に応じてカットされるベクトルのようなものです。したがって、データベクトルと次元を格納するだけです。スパース行列は、ゼロ以外の値だけを格納しますが、その位置も格納します。十分なゼロ値がある場合にのみ、これは利点です。